明朝内阁制度是如何形成的，最终发展到什么地步？明朝最开始承袭元朝制度，开设中书省，置左、右丞相。明洪武十三年（1380年），胡惟庸案以后，明太祖朱元璋废止了中书省和宰相，分中书省之权归入六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。同一年九月，明太祖朱元璋设定四辅官，以儒生王本等而为。从明朝起，由皇上直接执掌六部百司的政务，事实上相当于担任宰相。
明洪武十五年（1382年），再度撤销，而模仿宋朝制度，设定华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，在其中礼部尚书邵质、检讨吴伯宗、翰林学士宋讷、典籍吴沉各自为四处大学士。
以后，又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂、余诠、张长年几人出任，以指导皇太子，品秩为正五品，其具体权力只不过顾问。这就是内阁的原型。
建文年里，改大学士为学士，如数免去大学士，各设学士一人。自此改谨身殿为正行殿，设正行殿学士。明成祖虽有明太祖朱元璋一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征使他无法完全意义上地总揽政务，因此一个协助皇上的“肋手”组织——内阁应时而生。明成祖继位后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，称之为内阁。内阁制度自此创建。
以往，宰相有着决定权、议政权和行政权，明成祖创立内阁之后，把原先宰相有着的决定权紧紧掌权在自身手上，议政权分到内阁，行政权分到六部。地方上分三司，主抓司法部门、国防、行政部门，可以直接对六部负责管理。
在明成祖操控下，内阁与六部各尽其责，国家最大行政命令从北京紫禁城传出，借助全国各地1936处驿站，总长143700公里的驿道，逐层下达到国家每一个角落里。
殊不知，“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”换句话说内阁这时依然只不过皇上的私人助理，并不是权力组织。
永乐中后期之后，内阁权力渐重，兼任六部尚书，变成皇上的最大智囊和决策层。后明宣宗朱瞻基时期，权力逐渐升高（三杨辅政），产生了更加健全的政务步骤：全国各地许许多多的奏折，乃至普通百姓给皇上指出的提议，都由通政使司归纳，司礼监呈送皇上过目，再交给内阁，内阁负责管理拟订处理决定，再由司礼监把建议呈送皇帝审批，最终由六科校对下达。
1425仁宗朱高炽时，明仁宗因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士，以后杨士奇、杨荣等人均兼具尚书职位，尽管身处内阁，其头街均以尚书为尊。此后，内阁权力加重，慢慢变得重要。
明代宗朱祁钰的景泰年间，王文以左都御史进吏部尚书后进到内阁，自此之后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，内阁权力更高。虽然有明英宗朱祁镇的正统末年的反复，可到成化年、弘治之时，内阁在早已变成足够抵抗皇权的文官政府代表。
正德年间，明武宗朱厚照被觉得多荒诞不经。可也是有有杨廷和等阁老撑着，未成动乱。明世宗朱厚璁的嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，影响力进一步提高。明朝之内阁大学士虽无宰相之名，实际有宰相之权。到明嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝廷二十余年，内阁的权力早已彻底与过去的宰相一样了。
历经明嘉靖、隆庆的发展趋势，万历初期应该是内阁权力顶峰的时候，张居正改革让内阁变成政府运行的神经中枢，张居正的位置实际上早已贴近于当代首相的地位。