蓝玉是被朱元璋所杀，不过朱棣在背后或起到推波助澜的作用。传闻，蓝玉早就看出朱棣有造反的迹象，他从蒙古回朝后，曾提醒太子朱标，称朱棣在自己的封地一言一行都和皇帝一样，日后恐生反心，只是朱标并没有太在意。这件事让朱棣知道后，他非常的敏感，留着蓝玉可能会成为他的威胁，便在朱标死后劝说朱元璋除掉蓝玉。如果这件事都是真的，那朱棣也是造成蓝玉惨案的元凶之一。
1、蓝玉惨案
1393年二月，锦衣卫举报大将蓝玉谋反，之后朱元璋对功臣们大兴杀戮，族诛者多达一万五千人，制造了骇人听闻的“蓝玉案”。直到这年九月，这场血腥杀戮才算告一段落。作为“主谋”，蓝玉不仅被处死，还遭到了剥皮的刑罚。众所周知，蓝玉是被冤枉的，杀死他的是朱元璋，但暗中陷害他的却是燕王朱棣!
朱元璋原本没有杀死蓝玉的意思，因为蓝玉是他特意为太子朱标准备的将领!这里面就涉及朱标与蓝玉的关系了。蓝玉是定远人，他的姐姐正是明朝开国第二名将常遇春的妻子，也就是说蓝玉是常遇春的妻弟。蓝玉一直跟在姐夫常遇春身边，“临敌勇敢，所向皆捷”，受到了朱元璋的嘉奖。
明朝建立后，徐达、常遇春这些第一代名将逐渐凋零，朱元璋有意栽培蓝玉，让他参加征讨西番、云南以及辽东的战争。1387年，蓝玉被封为大将军，并在第二年领兵征讨漠北，取得了捕鱼儿海之战的胜利，威震漠北。至此，蓝玉成为明朝首屈一指的名将。那么，朱元璋为何要培养蓝玉呢?
原来太子朱标的妻子正是常遇春的女儿，换言之蓝玉是太子朱标的妻舅，两人不仅有亲属关系，而且私交很好，这样一来蓝玉肯定坚决支持太子，不会有异心的。事实也证明，蓝玉确实忠于太子朱标，在镇守北方时，多次向朱标汇报朱棣的不法行为。正是由于这种关系，所以朱元璋一直没有对蓝玉下手。
2、朱棣背后推波助澜
可是到了1392年，情况发生变化，太子朱标病死，他的儿子被立为皇太孙。然而，皇太孙性格懦弱，且并非蓝玉的外甥女常氏所生，所以朱元璋对蓝玉不放心。与此同时，燕王朱棣也起到了推波助澜的作用。在蓝玉之死的过程中，朱棣扮演着非常重要的角色，不过这些事情往往被人们所忽略。
早在1382年，燕王朱棣就开始笼络人才，将和尚姚广孝带到自己的封地。姚广孝出入燕王府时行迹诡秘，经常与燕王单独交谈。蓝玉多次领兵出征，经常驻扎在北平附近，对于朱棣的动向有所了解，所以将这些事情告诉了朱标。可是朱标不以为意，这些事情逐渐被朱棣得知，他对蓝玉自然心怀嫉恨。
由于蓝玉善于用兵，军事经验十分丰富，自然而然地成为朱棣的眼中钉、肉中刺，因为燕王早就怀有不臣之心!太子朱标死后，朱棣利用入朝的机会，向朱元璋说：“公侯纵恣不法，将有尾大不掉忧”。在当时的开国功臣之中，蓝玉地位高、权力大，而且确实做出了不少骄纵不法的事情，但他并没有谋反!
朱元璋晚年十分敏感，猜忌心很强，朱棣利用了父皇的这一特点，极力诋毁蓝玉，最终酿成了这场惨绝人寰的大案!蓝玉案后，明朝的开国功臣几乎被诛杀殆尽，客观上为朱棣起兵扫清了障碍。1399年，朱棣起兵靖难，他虽然兵力很少，但能够屡战屡胜，主要是因为建文帝麾下没能会打的将领!如果蓝玉尚在，朱棣恐怕做不成皇帝。