按照演义的说法，曹操之所以杀华佗，是因为他犯头痛病，想让华佗给他治好，但华佗却说想要彻底治好头痛，必须用斧子将脑袋劈开后做手术，曹操生性多疑，觉得这是华佗趁机想谋杀自己，据说是想为关羽报仇，所以曹操就下令将华佗处死。
这种说法被传得有鼻子有眼，但其实呢，这不过是标准的演义故事。因为，虽然华佗是有名的神医，但凭华佗所处的年代，恐怕还没有劈开脑袋做手术的医疗技术吧。
其次，华佗被杀的时间是在公元208年，而关羽被杀的时间是公元220年，华佗比官员要早死12年，他又如何为关羽报仇。当然，历史上也没有所谓的华佗给关羽刮骨疗毒的事迹。
在正史上，是这样记载华佗被杀的缘故，据说是曹操想招华佗入朝为官，但华佗却说自己妻子生病需要人照顾，所以不肯来当官，当时曹操也没有为难华佗。结果后来曹操派人调查，却发现华佗的妻子根本没有生病，是华佗故意欺骗曹操，于是曹操很生气，直接把华佗抓来处死。
曹操又将不肯与他合作的孔融全家杀死。在这种铁腕之下，司马懿再也坐不住，当他听说曹操准备派人来调查他时，他果断跑出来迎招，正式成为曹操的私属之一。
从这层意义上说，曹操杀华佗，主要就是为加强中央集权，为南征荆州做准备，并不是所谓的生性多疑而杀华佗。再从某种意义上说，华佗就是那只用来杀鸡儆猴的“鸡”！