公元1368年，传五世十一帝，历时九十八年的元朝被朱元璋干翻了，但是他们的末代皇帝元顺帝既没有战死，也没有自杀，而是率着为数不多的军队和王族退回了蒙古高原，这不得不说是个奇迹。要知道当年的辽、金、西夏等少数民族政权可都是被灭国了。
不过话虽如此，可元顺帝“去国怀乡”的忧愁肯定还是有的，再加上明朝大军对他连续不断的追击，更使他惶惶不可终日，终于还是在两年后去世了。
元顺帝的儿子爱猷识理达腊得知父亲去世的消息后，便在哈拉和林继位，是为元昭宗，将残元政权又维持了八年，还希望有朝一日能够重登中国的皇位。公元1372年，明朝大将徐达率军攻向了哈拉和林，结果遭到了他们的强烈抵抗，所幸明朝大军战线过长，后援不继，这才让他们躲过一劫。
公元1378年，爱猷识理达腊怀着满腔遗憾去世了，其子脱古思帖木儿继位。此时残元所控制的领土已经缩小到了蒙古帝国最初兴起时的规模，恢复祖上的荣光更显得毫无可能了。十年后，明朝大将蓝玉率军击败了脱古思帖木儿的军队，残元诸王、平章以下官员三千多人及军士七万多人被俘，脱古思帖木儿逃走后被其部将所杀。
至此，忽必烈家族的残元政权丧失了在蒙古人中至高无上的地位，以至于大多数蒙古族部落宣布自立。后来蒙古鞑靼部首领鬼力赤，打败了最后一任残元皇帝额勒伯克并将其杀死，取得了统治各部的霸权。至此，苟延残喘了29年的残元政权灭亡，蒙古各部又回到了争夺蒙古帝国大汗宝座的纷争当中。
然而，鬼力赤的汗位也没保持多久，便在1400年被阿苏特部的阿鲁台和卫拉特部的马哈木联军所败。可他们两人都不想成为蒙古帝国的大汗，他们最希望的还是自己的部落能够独立于蒙古人之外而获得认可，所以在打败了鬼力赤之后，他们便向明朝效了忠。对于这样的臣服，明朝自然是求之不得，给予了他们极大的帮助和支持。
靠着这种支持，他们将其霸权扩张到了从贝加尔湖西岸到额尔齐斯河上游的整个西蒙古地区。
同样的也是好景不长，鬼力赤的儿子额色库重新崛起，开始了和阿鲁台、马哈木之间的争夺战，双方一打就是十几年，一直到1425年额色库病死。在此期间，残元末代皇帝额勒伯克之子本雅失里复辟了自己的汗位，宣布自己为蒙古帝国新的大汗，作为黄金家族的后代，他无疑要比阿鲁台和马哈木更具号召力，很快，包括阿鲁台在内的蒙古其他各部就聚集在了这位正统代表的身边。
这种结果对于明朝而言显然是最不愿意看到的，于是就让他们臣服，可希望重现祖上辉煌的本雅失里怎会同意，于是永乐大帝朱棣开始亲率大军对他们进行了征讨，在1410年到1411年击溃了本雅失里和阿鲁台的大军。这次失败对本雅失里是致命的，因为这使他丧失了作为大汗的权威，次年马哈木就将其彻底击败，成为了新的大汗。
成了新大汗的马哈木一改往日对大明的臣服，毫不犹豫选择了断交，结果引来了永乐大帝的再次亲征，随后马哈木不敌，率军逃走，大汗的宝座再次空缺。此时，居住在满洲边境的科尔沁部首领阿台在公元1425年率众占领了蒙古中东部地区，成为了蒙古帝国新的大汗。
阿台是成吉思汗胞弟拙赤合撒儿的后裔，也是属于黄金家族。虽然明朝对于卫拉特部的背叛不能容忍，但为了消灭在蒙古人中具有崇高威望的黄金家族，他们又开始支持卫拉特部，当然了，对于这种支持，卫拉特部自然是欣然接受的。
就在卫拉特部实力削弱的时候，成吉思汗的后裔们并没有立即组织反攻，因为此时的他们正在互相残杀。
公元1478年，成吉思汗的第27代继承人满都鲁可汗，在和自己的侄孙以及继承人博勒呼济农的争夺中双双去世。如此一来，一度人丁兴旺的黄金家族中，就只剩下了一个五岁的孩子，也就是博勒呼济农的儿子巴图孟克。
此时的小巴图孟克可以说是不幸的，家族长辈都在内讧中死去了，就连他的母亲都抛下他改嫁了，但万幸的是，满都鲁可汗的遗孀满都海福晋将其置于自己的保护下，不但抚养其成人，还在公元1480年宣布其为新的大汗。更为难得可贵的是，满都海福晋作为一女人，亲自率军出征，彻底消灭了仇敌卫拉特部，为巴图孟克日后统一漠南蒙古，成为蒙古的“中兴之主”奠定了基础。
巴图孟克是蒙古帝国统治时间最长的大汗，前后在位38年整。公元1517年，巴图孟克去世，终年44岁，其长孙博迪继承了大汗位。此时虽然广大的领土都已被巴图孟克众多子孙瓜分完了，但蒙古帝国的大汗位却一直稳固在巴图孟克的长支后裔中传承，一直历经博迪汗、库登汗、札萨克图汗、布延彻辰汗，最后到蒙古的末代大汗林丹汗。
林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业，可此时东方的通古斯人（女真族）正在崛起，对他产生了巨大的威胁。为此，他采取了联明抗金的方针，对内则谋求控制蒙古其他部队，而且他以“攘外必先安内”为原则，优先进行对蒙古的统一，避免与后金正面交锋。
公元1627年，林丹汗西迁，平定了右翼诸部。公元1632年，后金皇太极讨伐林丹汗，林丹汗远遁青海。两年后，林丹汗因天花病死在青海大草滩，终年43岁。翌年，其子额哲投降后金，整个漠南蒙古完全纳入了后金帝国的版图，至此，蒙古帝国也永远的消失了。