朱棣称帝后，建文四年（1402年）六月十八日，恢复了周王朱橚、齐王朱榑的爵位。随后恢复代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永乐元年（1403年）正月，明成祖令周、齐、代、岷四王归藩。六月二十六日，成祖取消建文帝之父朱标的兴宗庙号，重新称懿文太子；七月十二日，成祖将朱允炆的三个弟弟由亲王降为郡王；十一月将朱标之子朱允熥、朱允熞废为庶人，囚禁在老家凤阳。
朱棣因为反对建文帝削藩而起兵，为了争取诸王拥戴，还改变祖制给予宗室更高的品级。如按照洪武年间规定，镇国将军（郡王之子）为三品，辅国将军四品，奉国将军五品，镇国中尉六品，辅国中尉七品，奉国中尉八品。而成祖“遂加镇国将军从一品，辅国将军从二品，奉国将军从三品，镇国中尉从四品，辅国中尉从五品，奉国中尉从六品”。
然而由于朱棣自己是武装夺权的，为了保证中央政权稳固，他即位后先将诸边塞王改封于内地，然后逐渐解除诸王的兵权：永乐元年（1403年）削代王护卫及官属；永乐四年（1406年）削齐王护卫及官属，不久废为庶人；永乐六年（1408年）削岷王护卫及官属；永乐十年（1412年）削辽王护卫；永乐十五年（1417年）废谷王为庶人；永乐十九年（1419年）周王见势不妙，主动献还护卫。洪武朝带兵的十三位亲王，永乐朝削去了六个护卫。与此同时，大封靖难功臣，将大批有经验的武臣保留下来，加强中央政权，从根本上改变了中央和诸藩的军事力量对比。
虽然朱棣实现了朱允炆当年的目的，但只解决了眼前的问题，并没有改变祖制；其子汉王朱高煦和赵王朱高燧仍然设立了三护卫。宣德元年（1426年），朱高煦叛乱，再次证明亲王典兵不是办法。亲征平定叛乱后，明宣宗利用其威望，迫使绝大部份藩王交出了护卫，并从各个方面对宗室加以控制。此后，宗室与中央的矛盾逐渐由军事上对政权的威胁转变为大量增加的俸禄对中央财政的压力。
强化集权统治
为了更有效率地处理国务，建文四年（1402年）八月初一，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。随后扩充内阁至七人。从此内阁开始在明朝政治中发挥越来越重要的作用，甚至清朝仍沿用此制度。
另一方面，由于朱棣是造反称帝的，对大臣有所猜忌，故恢复了洪武年间废除的锦衣卫，重新开始实施明朝的特务统治。随后，永乐十八年（1420年），朱棣又设立了东厂，令亲信太监掌权，加强特务统治的同时提高了宦官的地位。有明一代，特务统治几乎贯穿始终，成为一大特点。
由于靖难之役时，京中宦官提供的情报帮助成祖击败惠帝，成祖即位后便改变太祖以来禁止宦官干政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等著名的优秀宦官，下西洋宣扬国威；另一方面，由于司礼监、东厂等宦官掌权的部门地位提高，且地方镇守、监督采办等重要工作皆由宦官担任（不全为朱棣设置），埋下了日后宦官祸国的种子。
迁都北京
由于洪武年间，北方的防务多由几位边王（如朱棣、朱权）负责，而靖难后朱棣徙诸边王于内地，导致华北防务空虚；又由于有唐朝之守外虚内、宋朝之守内虚外的教训，故在军事上，定都金陵（南京）、遥控将领守卫边界的风险很大；“天子守国门”则可以解决这一问题。另一方面，由于南京的建文帝影响较大，在政治上考虑，作为朱棣大本营的北平更加适合作为帝都。故考虑各种因素后，朱棣决定迁都北京。
永乐元年（1403年）二月，朱棣改北平为北京，名顺天府（与元朝大都区别）；随后迁徙各地富民于北京。称北京为行在。永乐年间，迁都北京的准备一直在进行，如建北京城、建宫殿、疏通漕运等；直到永乐十八年（1420年），北京皇宫（即紫禁城，故宫）和北京城建成，遂下令迁都，以南京作为留都。