“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“。（在燕兵攻陷京师后，朱允炆）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！“朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃。“（《明实录·太宗实录》）
“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。”“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上！”
湖南新田大观堡造假说
湖南永州新田县发现明代遗址大观堡，该古城堡工程规模宏大，建筑面积7000平方米，石头垒成的堡垒周长346米，城墙残高4米左右，疑为建文帝避难行宫。后经部分文物和史学专家多方求证，认为建文帝极有可能避难新田，在全国多处出现的建文帝‘下落说’中，有的是传说，有的只有族谱，而只有新田县有相关碑刻，经考证涉嫌造假。
该说主要的证据有（不完全统计）：
1、龙池寺遗址碑刻记载“夫山曰安昙寺曰龙池”、“自大明皇朝先师铁峯悟真流亡”、“剃本靖为僧‘燕师’”等；梅木塘碑刻记载“圣帝之寿诞，为同人之嘉节，首士齐集虔诚致祭……誓词惟皇上御极之年岁次月日等谨以……二帝神位前曰，惟二帝职司阴鉴”等。
2、大观堡遗址
3、其他文物：象牙朝笏；道教神仙人物长卷画；
4、《史氏族谱》记载
新田宁远两县文物研究人员在大观堡考察碑刻，发现碑刻中关于“二帝”的内容，怀疑“二帝”就是建文帝，但宁远本地历史研究人员欧阳元益认为“二帝”是指南明二帝，碑刻可能是反清复明余党留下的。经调查鲤溪镇和大观堡周边群众从来没有听说过有建文帝这个传说，石文庄之孙石午荣于明永乐年间从大观堡迁居石家洞也从来没有听说过建文帝。
经调查明初被明朝政府派遣到新田县屯田（军屯）建大观堡的那支后人就是石家洞石氏，著名明史协会专家商传教授回复了大冠堡根本没有建文帝，商传教授曾说：“我认为大观堡肯定不会是建文帝建的，说建文帝来过大观堡也没有任何依据，可能是一些曾经忠实于建文帝的人留下了一些痕迹”。
根据清嘉庆十六年《宁远县志》记载：“石玉生东乡石溪人，明初其父以都司守邑东堡，玉生弱冠袭职....."。正史上证实大观堡堡主是石文庄、石玉生父子”。
另外清康熙二十三年（1684）的宁远《石氏宗谱》也有记载石文庄和石玉生镇守大观堡的事实，距今已有330多年的历史，是目前宁远县发现最早的军事古堡记载。经专家考证，大观堡是明代建筑，是石文庄始建于大明洪武三年（1370）。明史协会专家商传教授曾实地考察过大观堡，最后得出了“大观堡根本没有建文帝”的结论。
东明寺说
万历《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像“。（《杭县志稿》卷八）“相传朱允炆遁迹至此，时旭日始旦，题曰东明。自归国后，方知为帝。今范其遗像。有手植牡丹，色白如银“。明代嘉靖年间《留青日札摘抄》、清代康熙年间《湖堧杂记》中也都有记载。
据2010年12月7日，余杭县史志办张炳林先生从上海图书馆发现《东明寺志》，翻开第一页，上面写着“东明寺志叙“五个大字。《东明寺志》（三卷）清释湛潜篡，清康熙十二年（1674年）版本。
寺志中是如此记载：“迨壬午金川变作，启箧得杨应能度牒及披剃具，佛知运数巳定，乃僧服出逊，由吴兴至钱塘遁栖东明山，亲灸旵祖座下，凡六载，迹渐彰乃辞去。”