明成祖即位后恢复了锦衣卫，从此锦衣卫的权利渐渐加大，巅峰时期的锦衣卫监视全国，令人闻风丧胆。
明成祖朱棣即位后，又恢复并加强了锦衣卫的权力。在那以后，锦衣卫逐渐达到极致。他们权力很大，又几乎不受约束，常常罗织罪名，胡作非为，贪赃枉法，让群臣胆战心惊，惶惶不可终日。因此有人评论，明朝的灭亡，有锦衣卫的一份功劳。
朱棣和他父亲一样，重用锦衣卫也是因为疑心病。但与朱元璋不同的是，朱棣的疑心病源于自己不合法篡位。锦衣卫主要用来诛杀靖难之役时的燕王反对派。诏狱一时间被建文帝旧部挤得满满当当，锦衣卫刑具刑法花样百出，旧部老臣被屠戮殆尽，明朝彻底完成政权大换血进入永乐时期。假如朱元璋时期的锦衣卫是监视朝廷百官的话，朱棣时期的锦衣卫便是监视全国。
锦衣卫自永乐起，被分为中央部门、地方部门、流动部门。分支扩张庞大，人数成倍增加。普天之下，京城、边郊，兵部尚书、卖豆腐脑的李大姐。只要是大明的地方，几乎都有锦衣卫的影子。太子朱高炽和汉王朱高煦的皇位之争，更把锦衣卫变成了各方团体拉拢的对象，风光一时，权势滔天。
由于锦衣卫是由皇帝直接管辖，朝中的其他官员根本无法对他们干扰，因而使得锦衣卫可以处理牵扯朝廷官员的大案，并直接呈送皇帝。锦衣卫权力鼎盛时期。世宗嘉靖时期的锦衣卫权力程逐步上升趋势，待陆炳执掌卫政之时，锦衣卫权力达到顶峰，卫权甚至超越厂权，东厂亦为之低头俯首。锦衣卫拥有特权，无形中令他们可胡作非为、贪赃枉法而又得到了皇帝的“屏障”保护，造成了社会的混乱不堪。
世宗嘉靖时期，锦衣卫的权力达到了空前的鼎盛。尤其是陆炳执掌锦衣卫的时候，大量招募江湖豪侠，在各地遍布锦衣卫的耳目，朝中官员大小事宜简直无所不知。以至于当时很多的朝廷官员对锦衣卫都心惊胆战，生怕被他们监视抓到不利于自己的把柄。而且当时的管理也极为严格，锦衣卫一旦犯错，便会受到很严厉的惩罚。这也就是为什么这个时期的锦衣卫是最强大的原因。
巅峰时期的锦衣卫确实令人闻风丧胆，因为他们不受三法司的约束，甚至还经常剥夺三法司的审判权。为了办理案件，他们有属于自己的“法庭”，经常是滥用酷刑，草菅人命。
比如在朱元璋时期的锦衣卫，经常都是法外用刑，在当时有几万大臣都是死于锦衣卫的手上。又如天启年间，北镇抚司许显纯为了致使杨涟蒙冤入狱，公然伪造证据，并且还对杨涟滥用大刑，严刑逼供其指认前兵部尚书的贿赂，可是杨涟面对酷刑依然誓死不认，许显纯逼供不成，于是干脆伪造供词。从这里我们可以看出，锦衣卫当时滥用职权到了什么样的一个地步，为了给人定罪不仅动用私刑，而且还颠倒是非捏造证据。
虽然锦衣卫的手段有点残忍，让人心惊胆战，但是对明朝来说，也有其积极的一面，朝野上下星罗密布的锦衣卫，让很多官员不敢中饱私囊，在很大程度上遏制了明朝官吏的腐败，对明朝官员的治理起到了震慑的作用。