公元1372年,距离朱元璋做皇帝已经过去5个年头。有一天，为了恶补科学文化知识，朱元璋拿来一本《孟子》，在灯下细细品读。然而，一直对于学习如饥似渴的他，却对这本书大发雷霆：“若此老(孟子)在今日，岂可免我一刀?”究竟孟子说了什么话，竟然让朱元璋对他动了杀心?
原来，是《孟子》中如“民为贵，社稷次之,君为轻”、“君之视臣如草芥,则臣视君如寇仇”等经典名言，触动了朱元璋脆弱的神经。以今天的眼光来看，这些话是孟子思想的最大闪光点之一，也就是所谓的民本思想。不过，如果从另一个角度去看，孟子未免太不把君王当回事了。所以，对于朱元璋来说，“如此荒谬之言，哪里像臣子说的话。”
于是，他当即命令将孟子的牌位驱逐出文庙殿外，永久取消他的配享文庙，与孔子一起享受瓜果梨桃等祭品的资格，并且还说：“有谏者以不敬论，且命金吾(御林军)射之。”当时，有一个名叫钱唐的大臣实在看不下去，非要“逆风而上”，找到朱元璋为孟子鸣不平，他竟然还说：“臣为孟轲而死，死有余荣。”
朱元璋在奉天殿见到了钱唐，更是气不打一处来：只见钱唐坦着胸，殿外竟然还有一口他事先准备好的棺材，以彰显他必死的决心。于是，朱元璋也不客气，让卫士接连用弓箭射击钱唐。钱唐身中数箭，但仍然挣扎着向皇帝身边爬去。面对此情此景，原本就已经冒天下之大不韪的朱元璋也终于屈服了，下令马上为钱唐救治，并于后来恢复了孟子的配享。
然而，朱元璋与孟子的账还没算完，《孟子》这本书后来惨遭腰斩，原本让朱元璋感到刺眼的85条内容被悉数删除，而且永远不能作为科举考试命题的来源。在剩下的《孟子节文》中，不光“民贵君轻”等相关内容被悉数拿下，就连孟子批评商纣王的内容，也因“敏感”而被删节。
其实，这并非朱元璋第一次与儒家发生冲突。早在洪武元年，也就是1368年，他派大将徐达攻克山东，在占领曲阜后，他诏令孔子第55代孙、时任元朝国子监祭酒的孙克坚来南京朝见，就已经拔了一场冷战。
由于此时山东以北尚在元朝皇帝统治之下，明朝尚未继承大统，从法理上讲，朱元璋是朝廷叛贼。于是，左右为难的孙克坚就派了自己的儿子孔希学替自己去南京见朱元璋。
可谁知，此举却惹来了朱元璋的雷霆之怒。他认为，贵为“衍圣公”的孔克坚，是看不起他这个流民出身的草根皇帝的。于是，朱元璋用威胁的口吻下了这个一封圣旨：“吾虽起庶民,然古人由民而称帝者,汉之高祖也。尔言有疾,未知实否。若称疾以慢吾,不可也。”意思是说，我虽然是平民百姓出身，但是古代由草根而成帝王者，汉高祖便是。如果你是用装病来怠慢我，那走着瞧!
孙克坚接到这份“死亡威胁”，顿感惶恐不安，马上日夜兼程，来见朱元璋。朱元璋看到孔克坚如此识时务，这才转怒为喜，诏令孔家“衍圣公袭封及授曲阜知县”，还赐给土地60万亩。但是，朱元璋与孔家的恩怨，还没算完。洪武二年，朱元璋再次找孔家的麻烦，不过这回轮到了“大成至圣先师”孔子!公元1369年，也就是朱元璋当皇帝的第二年，他下诏说：“孔庙春秋释奠,止行于曲阜,天下不必通祀”，也就是说，祭孔大典的实施范围，仅限于曲阜一县即可，不必传至其他地区。
这道诏令的结果是——“朝野大哗”。朱皇帝上任后的第二年，就技惊四座，惹得满朝文臣老大不高兴。而最突出的代表，还是那个钱唐，他说：“孔子垂教万世,天下共尊其教,故天下得通祀孔子,报本之礼不可废。”而朱元璋也觉得这样实在过意不去，于是便勉强压下了怒火，但是他在几年以后，还是把火发泄到了孟子的头上。
朱元璋为何要和孔子、孟子过不去呢?在中国传统社会中，宣扬着“君要臣死，臣不得不死”的文化。在这种文化下，理应是一派君臣相和的和谐场面。然而事实是，古代的知识分子们，不但不觉得自己是君王们的工具，反而觉得自己是整个国家的主人，甚至为自己该坚持的“真理”而至死方休。
更令人诧异的是，为了所谓的“真理”而放弃自己的生命，乃至同族的生命者，大有人在。明初的方孝孺，便是一个鲜活的例子，他不仅为了自己坚持的“真理”，放弃了自己的生命，甚至敢于舍弃自己同族亲友800余口的性命。于是可想而知，朱元璋不再满足于做一个人世间的皇帝，他想当一个超越儒家的“教主”，而他对臣民思想的钳制，也开始变得无孔不入。
朱皇帝的发号施令，不仅限于整个国家的政治、经济，也渗透到这个国家的文教、习俗等各个领域。即便是统治中国上千年的儒家思想，一旦不顺朱皇帝的意思，也应该被禁止和修正。