北元时期和彻底灭亡
朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其他南方起义军，南方大元势力后，于至正二十七年(1367年)开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于至正二十八年(1368年)八月攻克通州，元惠宗于七月二十八日，仓惶北逃，徐达率军攻陷元朝的首都元大都(北京)，元作为一个全国性质的统治结束。元惠宗北遁，朱元璋认为他顺天明命，给他上谥号为“顺帝”。
元惠宗退
元末农民战争示意图至上都，隔年又至应昌。他继续使用“大元”国号，史称北元。当时北方除了元惠宗据有漠南漠北，关中还有元将扩廓帖木儿(王保保)驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南地区。朱元璋为了占领北方，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。元惠宗战败后于1370年在应昌去世，元昭宗即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信招降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。
至于北元领有的东北地区与云南地区方面：1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝占领辽宁南部。然而其余东北地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山(今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带)，与明军对峙了十几年，多次拒绝明朝的招抚。1387年冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理，明军平定云南地区。
朱元璋为了彻底扫除北元势力，于1388年5月命蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐。明军横跨戈壁至捕鱼儿海(蒙古国贝尔湖)击溃元军，俘虏八万余人，元天元帝和他的长子天保奴逃走，但是幼子地保奴被明军擒住，至此北元国势大衰。1388年元天元帝及长子天保奴被阿里不哥后裔也速迭尔杀害，北元不再使用年号。
洪武三十一年(1399年)，分布在叶尼塞河上游沿岸的吉尔吉斯部首领鬼力赤，否认脱古思帖木儿之子额勒伯克的宗主权，将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。额勒伯克之子坤帖木儿继位后也于建文四年(1402年)被鬼力赤杀死，改称鞑靼。去国号，元朝正式灭亡。
元朝单单凭借着军事优势而欲支配诸国人民，在丧失其优越条件之后，立刻就被逐出了占领地。就连在忽必烈汗的领导之下所建造的大都亦无法守住，被逼回原本故乡所在之北方草原。从此以后，大蒙古帝国再也不曾复活。诸国之人民亦不愿此事发生 。