历史上朱棣造反成功之后，是如何对待朱允炆妻儿的?其实朱棣还算是个厚道人，并没有赶尽杀绝，朱允炆的妻子马皇后是自焚死的，长子朱文奎下落不明，朱文圭没被杀死，只是圈养了55年。
妻子马皇后自焚而亡，长子朱文奎下落成谜
在明太祖朱元璋二十八年(1395年)时，朱允炆就在朱元璋的安排下与光禄寺少卿马全之女马氏成婚，紧接着在次年就生育了长子朱文奎。
朱允炆是朱元璋嫡长子太子朱标的次子，本来朱元璋对朱标寄予厚望，但是朱标却英年早逝，再加上朱标的嫡长子朱雄英夭折，因此朱元璋后来思虑再三册立朱允炆为皇太孙，指定其为皇位继承人。
在朱允炆成为皇太孙之后，朱元璋把对朱标的爱都倾注到了朱允炆身上。不过别看朱元璋对朱允炆很是喜爱，但是在洪武二十九年(1396年)朱允炆生育嫡长子朱文奎的时候，按理说当时已经68岁的朱元璋见到了第四辈人的皇长曾孙应该很高兴，可是朱元璋却并不高兴。
原来朱文奎出生时天气不好，乌云蔽日，而且这一天还是晦日，所谓晦日就是古人把农历每月的最后一天称为晦日，认为这一天不吉利。所以据《明史》记载朱元璋称朱文奎出生的这一天是“日月皆终，大凶之象”。
朱元璋甚至对朱允文称朱文奎是煞星转世，他对这个长曾孙十分不满意，他一再告诫朱允炆一定要注意，朱文奎很可能将来给老朱家带来无穷的祸患。
似乎朱元璋的预言很准，就如同冥冥之中自有定数一样。朱允炆继位为建文帝之后，听从了文臣齐泰、黄子澄、方孝孺等人的建议决定厉行削藩。
朱允炆的削藩手段非常残酷，先后将朱元璋第五子周王朱橚、七子齐王朱榑、十三子代王朱桂以及十八子岷王朱楩强硬削藩并囚禁于南京，还在削藩过程中逼死了生性刚烈的朱元璋第十二子湘王朱柏，随着朱柏被逼自焚以及周王朱橚等人被囚禁，朱允炆的削藩使得远在北京的老四燕王朱棣十分忧惧，朱棣不想坐以待毙，于是举兵反叛，发动了靖难之役。
据《明史》记载，朱允炆在当皇帝时至少生育过五个儿子，但是夭折了三个，只剩下与妻子马皇后生育的长子朱文奎和次子朱文圭。
朱允炆在继位之后就册立了朱文奎为太子，不过朱文奎也似乎印证了朱元璋的预言，被立为太子之后靖难之役就爆发了，可以说朱允炆在位四年基本就没干过别的事，就是在和叔叔朱棣打仗，结果他最后还打败了。
在“金川门之变”后朱棣的军队进入南京，他没有立刻就对皇宫展开进攻，而是先把嫂子也就是朱允炆的生母吕氏请来相见。
朱棣之所以拜见嫂子吕氏其实主要还是惺惺作态，他一再向吕氏表示自己绝无篡夺皇位之心，不过是想铲除朱允炆身边的奸臣(指齐泰、黄子澄等鼓励朱允炆削藩的文官)，希望吕氏能劝朱允炆不要抵抗，只要和自己妥协就好了。
后来朱棣准备送吕氏离开时，就发生了朱允炆自焚并烧毁宫殿的事件。据《明成祖实录》记载：(朱允炆)遂阖宫自已焚燃。上(朱棣)望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶!
也就是说朱允炆自焚后，朱棣就立刻派人去救火，但还是晚了一步，后来朱棣找到被烧焦的朱允炆尸体，伏尸痛哭，称朱允炆是痴儿。当然，这一幕是朱棣作为叔叔发自肺腑地痛哭侄子还是故意作秀给别人看就不好说了。
根据《明成祖实录》记载，朱允炆自焚时与他一同自焚的还有妻子马皇后和太子朱文奎，也就是说朱允炆是一家三口一起自焚了。
但是由于朱允炆是否自焚身亡还是易容化妆出逃了没人能确定，因此还有一种说法是实际上只有朱允炆的嫡妻马皇后自焚而亡，朱允炆带着长子朱文奎易容成和尚趁乱逃跑了。
所以朱文奎的结局和他老爹朱允炆的结局是紧密相连，如果朱允炆真的是自焚而亡，那么朱文奎也是一样的结果，如果朱允炆真的易容成和尚趁乱逃跑，那么朱文奎也是扮成小和尚跟着他跑了。
可以说朱文奎的结局就和朱允炆绑定一样，朱允炆的结局在历史上是个谜团，那么朱文奎也是下落成谜。
朱棣给予朱文圭的待遇似乎也印证了朱允炆逃跑了
朱文奎在靖难之役时已经7岁多了，因此朱允炆不管是自焚或是逃跑都把他带上还是可以的，但是除了长子朱文奎之外，朱允炆当时还有一个年仅2岁的次子朱文圭，由于朱文圭年幼，朱允炆不管是自焚或逃跑都不可能带上这个幼子，所以朱文圭最后留下来，并落到了朱棣手中。
别看朱文圭当时才2岁，一个婴孩儿宝宝而已，但他可是建文帝朱允炆的血脉，有他在朱棣当上皇帝也不会安稳，毕竟有谁不服朱棣想造反，只要打出辅佐建文帝遗孤复位的口号就足够了，所以虽然朱文圭仅2岁，但是对朱棣的威胁也很大。
但是朱棣却出奇的没有把朱文圭杀掉，他登基为帝之后，只是宣布废除朱文圭皇室宗籍身份，将朱文圭废为庶人终身圈禁起来。朱棣敢杀掉齐泰、黄子澄、铁铉、方孝孺等建文帝的忠臣，却能保全对他的皇位威胁很大的朱允炆的儿子，这也是让人意想不到。
其实这也很可能印证了朱允炆并没有自焚而亡的猜测，朱允炆很可能是趁乱带着儿子朱文奎逃跑了。而朱棣正是知道自焚的人可能并不是朱允炆，因此他也认为朱允炆出逃了。他担心朱允炆将来打出复国的名号，这样也会让他十分棘手。
所以朱棣故意留了朱文圭一命，他也是为了留后手，如果朱允炆真的起兵复国，那么朱棣就可以随时以朱文圭来让朱允炆投鼠忌器，朱文圭也算是朱棣留下来对付朱允炆的一张底牌。
还有就是朱棣看到年仅2岁的侄孙朱文圭也于心不忍，毕竟朱棣也是人，这个襁褓中的孩子是他亲大哥朱标的孙子，也是他的侄孙子，血脉相连，他也不忍心下死手。因此朱棣最后只是把朱文圭废为庶人终身圈禁起来。
虽然朱棣没有杀掉朱文圭，但其实朱文圭的人生说起来也是生不如死。朱棣可以给朱文圭吃喝，但是朱文圭基本都处于朱棣的监视之下，并且朱棣不允许他读书识字，更不允许任何人与朱文圭接触交流。
朱棣命人将朱文圭圈禁在老家凤阳广安宫中，每天吃喝都有供给，但是人身自由受到严重限制，而且还不让与旁人交流，除了照顾他的人几乎见不到外人，就好像被圈养的动物一般。
当然，朱文圭自2岁起就被圈禁关在屋子中，他连屋子都没出过，从记事起也就没拥有过自由，所以他也感受不到失去自由被人像动物一样圈养的痛苦。
朱文圭的这种动物般的圈养生活一直持续了55年，在57岁时他被堂侄明英宗朱祁镇下旨释放。他历经了朱棣、明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基再加明英宗朱祁镇和其弟景泰帝朱祁钰五个朝代。
毕竟朱文圭的身份敏感，他是朱允炆的儿子，因此朱棣去世之后，即便朱高炽和朱瞻基父子对建文旧臣都加以宽恕，但是对朱文圭还是始终严格监视和提防。而后来朱祁镇在位初期还有他弟弟景泰帝朱祁钰在位期间也都没考虑过释放朱文圭的事，主要都是不想给自己找麻烦，谁让朱文圭身份太敏感了。
释放朱文圭的事还得是朱祁镇二次复位历经了人生大起大落有了感慨才决定的。当初朱祁镇不顾劝阻，执意率军亲征蒙古瓦剌部，结果千里送人头，酿成了土木堡之变，大明全军覆没，朱祁镇本人也被瓦剌部抓获，在这种情况下朱祁镇的弟弟朱祁钰才气孙太后和于谦等重臣的支持下继位，以皇帝身份号召天下勤王，打赢了北京保卫战。
后来朱祁镇被瓦剌部释放，身份就尴尬了，朱祁钰已经成了皇帝，他只能成为太上皇。可是朱祁钰对朱祁镇十分猜忌，因此朱祁镇被释放之后一直被软禁起来。直到后来夺门之变爆发，朱祁钰被废，朱祁镇重新复位为帝。
朱祁镇先经历了一年的俘虏生涯，后来又被弟弟朱祁钰软禁了七年，这使得他复位之后性情大变，开始悲天悯人。他看到朱文圭已经被圈禁了55年，又联想到自己被软禁的生活，因此他不顾群臣反对，执意下旨释放了朱文圭。
当朱祁镇下旨释放朱文圭时，很多朝臣都认为朱祁镇此举无异于自找麻烦，都建议他不要释放朱文圭。《明史》记载了朱祁镇十分自信地对群臣说道：“有天命者，任自为之。”
朱祁镇的意思就是如果上天真注定朱文圭当皇帝，那么自己就听天由命了。朱祁镇下旨释放朱文圭也赢得了清流文臣的赞赏，翰林学士李贤就称赞朱祁镇此举堪比尧舜。
其实朱祁镇对于释放朱文圭当然有自信了，朱文圭当时年纪老迈不说，由于长期圈禁不与外界接触，朱文圭不仅不识字，连语言表达能力都很弱，不识牲畜，不具备任何常识，也不懂待人接物的礼仪，可以说虽然朱文圭不是天生的痴呆，此时被释放出来也没比痴呆的人强哪去。
而且关键是此时已经距离朱允炆时代过去五十多年，朱允炆的政治影响力早已经消散，朱棣一脉的皇位已经非常牢固，释放一个比痴呆的人都没强哪去的朱文圭，即显出了朱祁镇的宽厚，也不会对他的皇位产生太大威胁，何乐而不为。
朱文圭被释放出来之后安置在了凤阳，同时朱祁镇考虑到他不具备独立生存的能力，因此又特意给他盖了豪宅，赏赐给他不少金钱，还购买了不少奴仆和丫环伺候他，这时候朱文圭才算是过上了一个皇子应有的生活。
但是朱文圭享福没多久就去世了，不过好在朱文圭在圈禁期间曾娶妻生子留下了后人，朱允炆才不至于绝后。
虽然朱祁镇下旨释放了朱文圭，但是他却没有恢复朱文圭的皇室宗籍身份，因此朱文圭留下的后人被明朝官方称之为建庶人。同时朱允炆的三弟吴王朱允熥也留有后人，朱允熥后来也被朱棣削除了皇室宗籍身份，因此朱允熥的后人则被明朝官方称之为吴庶人。
在朱祁镇之后，朱允炆和朱允熥的后人基本都被释放，建庶人和吴庶人两支宗脉都享受着皇室的生活待遇和经济收入，只是身份上没有被皇室承认。
随着明朝对朱允炆家族的宽恕，到明朝中期明孝宗朱佑樘时期，还有书生上书提议恢复建庶人和吴庶人的皇室宗籍身份，让他们可以名正言顺奉祀懿文太子朱标。但是这个提议被明孝宗不置可否，明孝宗虽然没有正式表态同意还是不同意，可是这件事就没有再被提起过，这也说明了明孝宗是不同意的，只是不好意思明着说而已。
明孝宗的态度其实也是底线，明朝皇帝的底线就是可以供养朱允炆和朱允熥的后人，但是绝不能恢复他们的宗籍身份。朱标是太子，朱允炆是朱元璋钦定的继承人，恢复朱允炆和朱允熥后人的皇室宗籍身份，就意味着他们才是大明皇位的合法继承人，在名分上朱棣及其后人是不合法的，所以在重视礼法名分的明朝，朱棣的子孙可以宽大处理朱允炆和朱允熥的后人，但是底线就是不能承认他们的皇室宗籍身份，否则就等于给自己找麻烦一样。
不过明末帝崇祯殉国，南明时期南明小朝廷为了凝聚皇室人心，特意追谥朱文奎为恭慜太子，追谥朱文圭为润怀王，恢复了他们的皇室宗籍身份。可是也没啥用了，那时候毕竟明朝都已经名义上灭亡了，这种追谥和恢复宗籍身份没有什么实际意义了。