蓝玉案发生在洪武二十六年（1393年），是明太祖朱元璋借口凉国公蓝玉谋反，株连杀戮功臣宿将的重大政治案件。朱元璋借蓝玉案彻底铲除了将权对君权的潜在威胁，将军权牢牢地控制在自己手中。
洪武二十六年（1393年），朱元璋以谋反的罪名诛杀了大将军蓝玉，而蓝玉是洪武时期的主要将领之一。洪武二十一年（1388年），蓝玉率15万大军出塞追击蒙古军队，直到捕鱼儿海（即今贝尔湖），俘获男女七万七千人，大胜而归。
此后，他又多次北征蒙古，立下赫赫战功，被晋封为凉国公，位居大将军之职。蓝玉统兵多年，在军中颇有威望；麾下骁将十余员，个个勇猛善战。以一介武夫起家的朱元璋，原本就最忌武人拥兵；而蓝玉却自恃功高势大，骄横不法。在军中，他擅自黜陟将校，进止自专，甚至不听君命。
某次北征还师，夜扣喜峰关，关吏没有及时接纳，蓝玉就纵兵毁关强行进入，这一举动显然引起了朱元璋的猜忌。在地方上，蓝玉霸占东昌民田，私蓄奴婢，纵奴作恶乡里。此事后为御史举劾，但蓝玉竟怒逐御史。他还让家人私买云南盐1万余引（每引200斤或400斤），进行走私。又因奏请多未采纳，一直对朱元璋心怀不满。
这些做法，终于让朱元璋动了杀心。洪武二十六年二月，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，朱元璋就将他处斩，并族诛了三族。平时与蓝玉有关系莫逆的许多将校，也都被定位“逆党”，遭到了抄家灭族的下场。当时因这个案件而被诛杀者多达1.5万人，军中的骁勇将领差不多都被杀戮殆尽。朱元璋还手诏布布告天下，并条例爰书为《逆臣录》。列名《逆臣录》，有一公、十三侯、二伯。
朱元璋借蓝玉案彻底铲除了将权对皇权的潜在威胁，将军权牢牢地控制在自己手中。军权皆出于朝廷，不敢有所专擅。
过程
起因
蓝玉本人骄横跋扈，满面红光，而且富于勇气和谋略，有大将的才华。中山王徐达、开平王常遇春死后，蓝玉屡次统帅大军作战，多次立功。太祖待他十分优厚。
蓝玉渐渐地骄傲自满，畜养了很多庄奴，这些人都仗着蓝玉的威势暴虐凶横。蓝玉曾经抢占了东昌的民田，御史查究追问此事，蓝玉大怒，赶走了御史。
蓝玉北征元军回来时，半夜敲击喜峰关关门，关吏没有及时开门接纳，蓝玉纵容士兵打破关门长驱直入。太祖听说这件事很不高兴。
先前，太祖想封蓝玉为梁国公，因他犯错改封凉地，还把他的过错刻在铁券上。蓝玉仍然不知悔改，在侍奉皇上的宴会上出语傲慢。
蓝玉在军中擅自罢免和提拔军官，独断专行，皇帝多次责备他。他西征回朝，太祖让他做太子太傅。蓝玉对位居宋、颍两公之下感到不高兴，说：“难道我不能胜任太师一职吗?”等到他入朝上奏。太祖往往不听他的，他更加不高兴。
发展
洪武二十六年，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，下狱鞫讯后，狱词称同景川侯曹震、鹤寿侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东筦伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，拟乘朱元璋藉田时发动叛乱。朱元璋遂族诛蓝玉等，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，被杀者约两万人。朱元璋还手诏布告天下，并条例爰书为《逆臣录》。列名《逆臣录》者，有一公、十三侯、二伯。
结果
蓝玉一案，族诛一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人，“元功宿将，相继尽矣。”谋逆之罪一般都是碎剐凌迟处死，念及蓝玉与自己是儿女亲家，朱元璋心一软，宽大处理：碎剐改成剥皮。这样，刽子手把蓝大将军全须全尾整张人皮剥下来，算是留了全尸，并把人皮送往他女儿蜀王妃处“留念”。明末农民军攻破蜀王府，在王府祭堂发现了这件“文物”。
评价
蓝玉自恃有功，专恣横暴，所为多不法，举止傲慢，无人臣礼。而蓝玉案和空印案、郭桓案、胡惟庸案合称为“洪武四大案”。“蓝玉案”和“胡惟庸案”都是谋反案，受牵连的大多是跟随朱元璋打天下的功臣，前后十余年，屠戮上万人。