朱元璋在前殿处理事情，有时非常生气，马皇后等朱元璋回到后宫，常常依据事理委婉地劝阻。朱元璋的性格虽然刚毅，但因为马皇后的劝阻而能够减免刑罚的人也有很多。
参军郭景祥守卫和州，有人告密说他的儿子拿着槊想杀他的父亲，朱元璋听后大怒，想要杀了郭景祥的儿子。马皇后说：“郭景祥只有一个孩子，别人告密的也许不是实际情况，杀了他恐怕就会断绝郭景祥的后代。”朱元璋认真了解情况后，发现他果然是冤枉的。
朱元璋的义子李文忠守卫严州，杨宪诬告他不遵守法律，朱元璋想召李文忠回来。马皇后说：“严州，是面临敌境的地方，随便的更换将领不合适。况且李文忠向来贤明，杨宪的话难道可以相信吗？”朱元璋于是停止了这件事。李文忠后来终于建立了大功。
学士宋濂因为孙慎的事情而获罪，被抓来定为死罪，马皇后劝阻朱元璋说：“普通百姓家为孩子请老师，尚且将尊师之礼奉行一生，何况我们天子之家呢？况且宋濂住在家里，一定不知道实情。”朱元璋不听。正好赶上马皇后侍奉朱元璋吃饭，马皇后不饮食酒肉。朱元璋问原因。马皇后回答说：“我在为宋先生作福事。”朱元璋内心也感到凄然，于是放下筷子站起。第二天赦免了宋濂的死罪，把他安置到茂州。
吴兴富户沈万三多年在海外经商，为全国第一富户，被迫捐献家财助修都城城墙的三分之一，后又被迫出资犒劳军队。事情被朱元璋闻知，不料触犯了忌讳，大怒说：“匹夫犒天子军，乱民也，宜诛。”高皇后劝谏说：“妾闻法者，诛不法也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥。不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉。”经马皇后劝说，沈万三才得免去死罪，遣戍云南。
朱元璋曾经让重刑犯筑造城墙。马皇后说：“通过罚劳役来赎罪，这是国家对待犯有重罪的囚犯的最大的恩惠，但本来就疲惫的囚犯如果再加重劳役，恐怕仍免不了死亡。”朱元璋于是全都赦免了他们。
马皇后非常爱惜人才。一次朱元璋视察太学回来，马皇后问他太学有多少学生，朱元璋答有数千人。马皇后说：“数千太学生，可谓人才济济。可是太学生虽有生活补贴，他们的妻子儿女靠什么生活呢？”针对这种情况，马皇后征得朱元璋同意，征集了一笔钱粮，设置了20多个红仓，专门储粮供养太学生的妻子儿女，生徒颂德不已。
一天，马皇后问朱元璋：“如今天下的老百姓生活安定吗？”朱元璋说：“这不是你应该问的。”马皇后说：“陛下您是天下人的父亲，我有幸能成为天下人的母亲，孩子的安定与否，我怎么可以不问！”每当遇到灾年，马皇后就率领宫人吃粗茶淡饭，帮助百姓祈祷。
朱元璋有时把赈灾救济的事情告诉马皇后，马皇后就说：“赈灾救济不如事先有积蓄好。”有时朝廷官员上奏完事情，在宫廷中聚餐，马皇后就命令宦官拿来酒菜自己事先尝一尝。味道不好，于是就告诉朱元璋说：“作为人主奉养自己应该差一些，奉养别人应该丰厚。”朱元璋为此整顿了光禄寺的官员。