洪武初年，元在中原的统治虽已结束，但退据上都的北元还具有一定的军事力量，仍不时窥视着中原，意欲卷土重来。另有元丞相纳哈出率二十万大军屯据东北，夏政权据有四川，元梁王据云南，秦、晋、关、陇地区也有大大小小的武装力量。在这样的形势下，朱元璋的当务之急，无疑是继续征战，消灭割据势力，统一全国。
1387年（洪武二十年），明军出动二十万大军，以冯胜为大将军，蓝玉、傅友德为副将军，大举征讨东北的元丞相纳哈出。强兵压境，纳哈出不敌降明，东北的割据势力被消灭。洪武二十一年，蓝玉奉命率十万大军入漠北，追击北元势力，在捕鱼儿海（今贝儿湖），杀元太尉蛮子，元主脱古思帖木儿在逃亡途中为部将所杀。北元的威胁不复存在。
1371年（洪武四年），朱元璋命汤和、傅友德帅军分两路进击四川，仅用了几个月的时间，便攻克重庆、成都，夏主明昇降，夏政权覆灭。
1381（洪武十四年）九月，傅友德、蓝玉、沐英奉命出师征云南。当年十二月，蓝玉、沐英攻克昆明，傅友德率军攻下乌撒，梁王在逃亡途中自缢而死。翌年二月，大军攻下大理，云南全境悉平。经过20年之久，于1388年最终实现统一大业。
朱元璋趁元末农民战争节节胜利之际，针对元朝势力受到极大削弱，其他作战对象各据一方、互不应援等情况，审时度势，运筹帷幄，恰当任用将帅，攻抚兼施，各个击破，统一全国大部分地区，显示了卓越的用兵才能和驾驭战争的能力。
明洪武元年至二十二年（1368～1389），太祖朱元璋为统一全国，遣军推翻元朝、消灭各地割据政权及元朝残余势力的一系列作战。
元末农民战争后期，朱元璋势力日益强盛，到元至正二十七年（1367），相继攻灭陈友谅和张士诚政权，占据长江中下游广大地区。朱元璋审时度势，决定北伐南征同时并举，命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，北取中原，进克大都（今北京）；汤和为征南将军，消灭割据浙东的方国珍势力；胡廷瑞为征南将军，攻取福建；湖广行省平章杨璟等攻广西。
二十八年正月，在各路大军接连获胜之际，朱元璋于应天（今南京）即帝位，国号大明，建元洪武。随即进行了长达22年的统一战争。
北上灭元，平定西北洪武元年四月，朱元璋得知徐达、常遇春所率北伐军已按既定撤屏蔽、剪羽翼、据户槛之方略，平定山东、河南，占据潼关，孤立大都，遂于五月亲至汴梁（今河南开封），与诸将商讨灭元大计。
之后，徐达遣精兵为先锋，自率主力北渡黄河，攻占邯郸（今属河北）等地。师至临清（今属山东），会合各路军水陆并进，连战皆捷，于八月克大都。元朝灭亡。元顺帝妥懽贴睦尔北走上都（今内蒙古正蓝旗东北），仍用元国号，史称北元。十月，朱元璋诏谕元顺帝父子来归，未果；又以礼相待元故官，安抚归附的北方及蒙古、色目诸百姓，严令诸军毋得骚扰。
十二月，徐达分兵三路克太原、大同、宣府（今河北宣化）等地，迫元将扩廓帖木儿败逃甘肃，山西归明。二年三月，明军入陕西，克西安、凤翔，迫元将李思齐率部10万奔临洮（今属甘肃）。朱元璋致书招降，右副将军冯胜往攻，李思齐出降。五月，徐达乘胜取平凉、延安。