唐以后长安便不再是都城了，不过它的重要性依然不容小觑。朱元璋在唐长安基础上继续修建，使得长安最完整的一座古代城垣建筑。
洪武二年（1369年），朱元璋改奉元路为西安府，并在唐长安城皇城的基础上，修建了西安城墙，留存至今，是中国现存最完整的一座古代城垣建筑。西安城墙主城门有四座：长乐门（东门），永宁门（南门），安定门（西门），安远门（北门），这四座城门也是古城墙的原有城门。从民国开始为方便出入古城区，先后新辟了多座城门，至今西安城墙已有城门18座。
明朝建国之后，朱元璋一直心怀迁都之意，他和太子朱标最中意的迁都之选正是长安。
洪武二十四年（1391年），监察御史胡子祺上书，提到“据百二河山之险，可以耸诸侯之望，举天下形胜所在，莫如关中”。朱元璋顿时心动，但不形言表。经过仔细考虑后，他派太子朱标巡视关中，并告谕天下：“天下山川，惟秦中号为险固，向命汝弟（指朱元璋第二子秦王）分封其地，已十余年，汝可一游，以省观风俗，慰劳秦民。”其实已经颇有迁都关中的打算。
太子朱标详细考察了西安地形，回来后向朱元璋献《陕西地图》。太子朱标个人也倾向于选择西安为国都，因为长安作为最为国人仰慕的汉唐国都，王者气派天下独步、无可匹敌。
然而世事难料，太子朱标返回南京后于第二年病逝，谥号“懿文太子”。
太子朱标壮年而逝，白发人送黑发人，年近七十的朱元璋受到很沉重的打击，再也没有精力和心情考虑迁都的事情了。
朱元璋在当年底亲自撰写的一篇《祀灶文》中，表达了万般无奈的心情：“朕经营天下数十年，事事按古就绪。维宫城前昂后洼，形势不称。本欲迁都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲劳民。且兴废有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。”一副听天由命的可怜相，听起来真是异常凄凉。
此后不久，朱元璋也郁郁而终，皇位传于太子朱标的长子（皇太孙）朱允炆，史称建文帝。
建文帝即位后数年，驻守北平的燕王朱棣（朱元璋第四子）发动“靖难之变”，篡夺了皇位，并不顾南京城内多数臣民反对，强行将国都迁往自己的势力据点北平。
长安，也就失去了宝贵的重新成为中国国都的机会。明末，李自成率军攻破陕西，进入西安建立大顺政权，并从西安出师攻灭明朝。然而，吴三桂投靠清朝，以致清兵入关，攻灭大顺政权。明钱谦益《袁伯应南征吟小引》：“今长安关河四塞，自古帝王之州，一旦为蚁贼残破，伯应（袁可立子）之忧愤视子美又何如？”
1900年，清廷利用义和团排外，并向十一国宣战，引发八国联军攻入北京，慈禧太后与光绪帝离开北京，西狩长安，留驻长安约一年之久。在此前后，光绪帝与国内维新派人士都强烈主张放弃北京，迁都长安，变法强国，以与西方列强抗战到底。