1368年（洪武元年）朱元璋派徐达率军攻入元大都（今北京），元惠宗逃往漠北继续元帝国的统治，历称“北元”。永乐初年，因合罕弟弟的妻子完者秃豁阿妣吉的绝世美貌《蒙古源流》记载：“合罕害弟夺弟媳妇；合罕动身去放鹰之后，忽兀海太尉来讨丞相之号；妣吉派朵黑申·失喇请太尉；妣吉用银制的大杯中搀满有黄油的豁烈酒献于太尉；派哈儿忽出黑的仆人朵黑申·失喇去追回合罕。
合罕杀忽兀海太尉后令雪泥氏旺沁太保剥下忽兀海脊背上的皮合罕把长妻可温台哈屯生的撒木儿公主嫁给了忽兀海的儿子巴秃剌，让他当上了丞相,掌管四瓦剌；浩海是乌格齐哈什哈的臣，乌格齐哈什哈杀死了合罕，纳了完者秃·皇妃子。”北元贵族势力内部开始出现矛盾，鞑靼、瓦剌和兀良哈三部互相敌视。鞑靼部居住在今贝加尔湖以南和蒙古人民共和国的大部分地区；瓦剌部居住在今蒙古人民共和国西部和准噶尔盆地一带；兀良哈部在呼伦贝尔大草原一带；三个部落时常滋扰明朝边境，成祖决心征讨一劳永逸。
成祖北伐的战略目的，是让草原上的鞑靼、瓦剌两部臣服于明朝，以达到一劳永逸的目的。岭北之战后，马匹损失不计其数，为大规模培养骑兵所用战马，洪武四年，设置群牧监，六年更置群牧监于滁州设太仆寺，并始制定了养马之法：“命应天、庐州、镇江、凤阳等府滁和等州民养 马，江北以便水草一户养马一匹，江南民十一户养马一匹”，从此 民间开始养马。经洪武永乐两朝牧养孳息，到永乐二十二年（1424 年）的时候，马匹已经达到了一百七十余万匹，马匹的年增长率达 到10%—15%。
经过洪武时期的多次打击，蒙古人已经基本退出了漠南，对明朝边境并不构成直接威胁。成祖在靖难时期就与号称“鞑靼可汗”的鬼力赤有交往。同时派遣使节去招抚鞑靼、瓦剌各部，并在鞑靼游牧地区建立了一些羁縻卫所，试图用朝贡贸易的手段绥服蒙古，似乎和靖难之后国力未恢复有关。
但1408年（永乐六年）元顺帝的曾孙本雅失里（此据《蒙古源流》）在鞑靼称汗，对明采取强硬态度，1409年更斩杀明使，又击败当年丘福的北征军（丘福败死那天是八月十五日，土木堡也是这天，和蒙古人出征时择日信仰有关），成祖才不得不于1410年亲自北伐。出师之际，鞑靼已经内讧分裂，成祖先后在斡难河畔和贝尔湖东追击、击溃了鞑靼可汗本雅失里和太师阿鲁台两部，战后。本雅失里投奔瓦剌后被杀，阿鲁台遣使朝贡。
此后瓦剌马哈木崛起，此时成祖对军力颇具自信，决定发动“预防式打击”，于1414年再次北征。这次可是跟瓦剌军正面决战了一场，明军在乌兰巴托附近击退了据险而守的瓦剌军，但并未追击。战前阿鲁台曾表示愿意来助战，战后却拒绝朝见皇帝，成祖也只得加以安抚。
此后明朝边境无事，瓦剌、鞑靼继续争斗，阿鲁台占了上风，并控制了兀良哈三卫（所谓成祖赠大宁给三卫纯属子虚乌有），逐渐从1421年起不满足于与明朝贡贸易，开始袭扰明朝边疆。导致已经年老体衰的成祖（1416年发过一场大病，从此开始服用“仙药”）不得不再次开始北伐。但这时明朝的国力已消耗在北建故宫、南修武当、招抚诸番、郑和七下西洋、亦失哈九上北海、征伐安南等大工程上，竟发生了户、礼、兵、工等四部尚书合议反对北征的事件，结果户部夏原吉、工部吴中下狱，兵部方宾自杀。1422年成祖北征呼伦贝尔，阿鲁台远遁，成祖走到呼伦湖以北，虏获了他丢弃的牲畜、辎重后，回师痛击兀良哈。
1423年七月听说阿鲁台又来犯边，成祖紧急出发到宣府边外（明军北伐都在春天出师，七月出师是临时起意的结果），结果收到阿鲁台已经被瓦剌打败的消息，只好把宁阳侯陈懋在阴山擒获的一个蒙古酋长也先土干说成是鞑靼王子，封“忠勇王”，作为鞑靼来降的证据。
1424年成祖再次出师呼伦贝尔，又没有捕捉到阿鲁台，而且啥都没找着，遂再次向东征伐兀良哈 ，回师时病死。成祖末年连续三次北征，可见其对歼灭阿鲁台的执着与急切。
纵观这五次北伐，明朝人号称“五出三犁”，是说前三次都有实际战果。不过没有一次成功擒获鞑靼、瓦剌首领，也就没有实现战略目的。要说原因的话，首先第一次、第二次北伐明军都曾与蒙古首领正面交锋，却未能将其杀死或擒获，使得鞑靼、瓦剌两部一直都有其自己的领导核心，第三次北伐虽捕获兀良哈老幼但还是把她们释放，兀良哈也长期被鞑靼控制，这样，明军在漠北的行动始终得不到游牧部族的支持，只能靠大军进攻。
而这也和洪武朝后期对蒙古的策略有关，1388年蓝玉击破北元汗廷后，兀良哈部南下归降，被安置在近边，但不久就叛归北元。1391年傅友德、郭英和燕王曾出塞讨伐兀良哈，但未能将其降伏，之后也不再努力。笼络游牧部落是个长期工程，唐廷从629年北伐东突厥获胜，之后设法羁縻突厥、薛延陀、回鹘诸部，经过多次用兵均获胜利，到649年终于消灭车鼻可汗，直接统治漠北。中间花了20年的时间。之前还有隋朝羁縻启民可汗的经验。而明朝之前只成功笼络过附近可以驻军的关西七卫的蒙古人，对羁縻漠北部落殊无经验。
第三、五次北伐的目的，是在呼伦贝尔草原一带捕获阿鲁台，但阿鲁台知道自己不是明军的对手，每次都提前远避。这样来看，明军在军事上虽然是占优势的，却从来没有完全实现战役目的，也更没有完成战略目的，可以说是力有未逮。
至于为何成祖末年一个劲儿的打击鞑靼而非瓦剌，一是当时侵扰边境的就是鞑靼和兀良哈，而非瓦剌，二是如和田清所说，鞑靼毕竟是蒙古大汗的“正统”所在。当时的蒙古贵族（明朝所称的“鞑靼”）和瓦剌贵族是把彼此视为两族的。成祖大概也知道这一点，所以要先歼灭鞑靼而后快。
有的学者指责永乐耗费财力，这是错误的。永乐一朝文治武功皆是明朝之最，经过洪武皇帝的马政繁荣以及休养生息政策至永乐时期国家已经全面强盛，永乐帝做了和汉武帝、汉宣帝、唐太宗、唐高宗一样的事情。只是由于没有如汉朝、唐朝、蓝玉优秀的情报向导未捕获其首领，鞑靼首领在前三次北伐的过程中了解到朱棣实力的强大之后明成祖每次北伐鞑靼首领皆远遁以及仁宣二宗没有守住永乐清沙漠的成果导致蒙古瓦剌统一，但是不影响明成祖本身的功绩。正如毛主席所说“《明史》我看了最生气。明朝除了明太祖（朱元璋）、明成祖（朱棣）不识字的两个皇帝搞得比较好，明武宗、明英宗还稍好些以外，其余的都不好，尽做坏事。”