朱棣在夺取皇位后，为了巩固自己的统治地位，于永乐十九年(1421年)决定将都城从南京迁往北京。然而，这一决定并没有使南京的地位降低，南京六部依然保持了其重要的行政职能。
南京六部，即南京的吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部，是明朝中央政权的重要组成部分。朱棣迁都后，南京六部的运行机制并没有发生根本性的变化，它们仍然按照明朝的行政法规进行运作。
首先，南京六部仍然负责处理江南地区的行政事务。虽然都城已经迁至北京，但南京仍然是江南地区的政治、经济和文化中心。南京六部负责处理江南地区的各种行政事务，包括人事任免、财政收支、礼仪祭祀、军事防御、司法审判和工程建设等。
其次，南京六部仍然是明朝中央政权的重要组成部分。虽然都城已经迁至北京，但南京六部并没有被削弱或撤销，反而在一些重要的政治事件中发挥了重要的作用。例如，在明英宗复辟时期，南京六部曾经支持英宗对抗北京的宦官势力。
最后，南京六部的存在也体现了朱棣对南京的特殊重视。朱棣在夺取皇位后，虽然将都城迁至北京，但他并没有忽视南京的地位。他不仅保留了南京六部，还在南京设立了南京国子监和南京翰林院等机构，使南京成为明朝的文化中心。
总的来说，朱棣迁都后，南京六部仍然保持了其重要的行政职能，体现了朱棣对南京的特殊重视，也体现了明朝中央政权的稳定性和连续性。