灵谷寺位于南京市玄武区紫金山东南坡下，中山陵以东约1.5千米处，始建于南梁天监十四年（515年），是南朝梁武帝为纪念著名僧人宝志禅师而兴建的“开善精舍”，初名开善寺。明朝时朱元璋亲自赐名“灵谷禅寺”，并封其为“天下第一禅林”，为明代佛教三大寺院之一。《金陵梵刹志》将其与大报恩寺、天界寺并列为大刹。
灵谷寺内有放生池、金刚殿、天王殿、无量殿（又称无梁殿）、五方殿、毗卢殿、观音阁等殿堂，寺后有宝公塔。灵谷寺玄奘纪念堂中供奉玄奘法师坐像，像前的玄奘法师顶骨纪念塔中有玄奘顶骨舍利。
1982年，灵谷寺无梁殿被列为江苏省文物保护单位；1983年，南京灵谷寺被定为汉族地区佛教全国重点寺院；2006年，被国务院列为全国重点文物保护单位。
历史沿革
灵谷寺最初为南朝梁武帝为尊崇宝志禅师兴建的“开善精舍”，位于紫金山独龙阜玩珠峰南麓，始建于南朝天监十四年（515年），梁武帝为埋葬宝志和尚，在独龙岗建开善精舍和志公塔。
唐朝乾符年间改名为“宝公院”。
宋开宝年间，易名为开善道场。
宋太平兴国四年（979年），宋太宗题寺额为“太平兴国禅寺”。
元朝及明朝初年时被称作“蒋山寺”。
明太祖朱元璋选定此处修建自己的陵墓明孝陵，于洪武十四年（1381年）将原寺移到灵谷寺现址，地形是“左群山右峻岭”之间的一片谷地，可谓山有灵气，谷有合水，故而命名为“灵谷禅寺”。用砖石砌成的无量殿（又称无梁殿），安置无量寿仏本尊，灵谷寺的寺匾额是朱元璋所赐，并敕封寺名“灵谷禅寺”。当时灵谷寺规模很大，占地500余亩。还有灵谷塔和三绝碑等胜境；玄奘纪念堂中供奉玄奘法师坐像，像前的玄奘法师顶骨纪念塔中有玄奘顶骨舍利。
清朝初年，遭受冰火打击，但次年很快地就复兴了，清康熙四十六年（1707年），康熙南巡时，临幸钟山，御赐“灵谷禅林”匾额，并书“天香飘广殿，山气宿空廓”对联赐寺。虽接待过康熙帝与乾隆帝在这里逗留。但是，建筑大多毁于清朝咸丰同治年间清军与太平军的兵火，虽然同治年间寺院在曾国藩等人得以重建，规模已大不如明代灵谷寺的威容盛况。
民国十七年（1928年），国民政府在灵谷寺原址建设国民革命军阵亡将士公墓，原灵谷寺则迁至东侧同治六年所建的龙神庙。四方墙壁设置了110座石碑，刻有国民革命军阵亡将士名单。
1949年，中华人民共和国成立后，这一带被改为“灵谷寺公园”。
1973年，南京灵谷寺修复开放，经有关部门批准，从市文管会请回供奉玄奘法师灵骨，寺内专设“玄奘法师纪念堂”，纪念堂正中心设13层密檐楠木塔，玄奘法师顶骨即安奉于此中。
1980年，真慈大和尚住持灵谷寺后，对灵谷寺进行了全面维修，重建了山门、大雄宝殿、祖堂、客堂、志公殿、藏经楼，新建了观音宝阁、玄奘院等建筑。
1983年，南京灵谷寺被定为汉族地区佛教全国重点寺院。
2004年，灵谷寺新建仿唐建筑玄奘院。
2014年4月，灵谷寺举行开山1500周年庆典暨第四届金陵礼佛文化月活动。
2016年1月8日，灵谷寺玄奘院地宫举行落成仪式，镇寺之宝——玄奘的顶骨从玄奘院大殿移驾地宫内保存。以后，地宫将作为这份玄奘顶骨的永久存放和供奉之地。