贫苦出身，当过乞丐、做过和尚的朱元璋当上皇帝以后，十分仇恨为富不仁和贪赃枉法腐败之徒，以至于嗜杀成性。据不完全统计，他在位期间，杀掉的各类官员达到16万之多。
为了确保吏治公正清明，遏止腐败，朱元璋用严刑峻法，惩治官吏中的不法之徒。朱元璋对官吏管制之严、打击之重、诛杀之多，在封建皇帝中是罕见的。
洪武初年，朱元璋召见文武百官，对他们说：“我从前在民间时，看见州县官吏大多不爱恤百姓，他们大多贪财好色，饮酒废事，对民间的疾苦无动于衷。他们败坏政令，坑害百姓，加上灾荒，弱者无法生存，强者就起来造反，这都是由于贪官污吏造成的，因此，我恨透了他们。”
“如今要严肃法纪，发现官吏贪污、虐待老百姓的，坚决治罪，绝不宽恕！”为了巩固皇权，朱元璋开始大力整顿吏治。他将对各级官吏的规定布告民间，号召全体人民对官吏进行监督。并下令说：“凡是发现有贪赃害民的官吏，老百姓可以直接擒拿送至京师。如有胆敢阻挡者，即行灭家灭族。”
为此朱元璋在《明律》中规定：如有人犯了死罪，官员们用巧言进谏，使之免除死刑者，处斩;如刑部及大小衙门的官吏听从上司主使，不按法律办事，徇私枉法者，也要处斩，并将其妻子充作奴婢，财产没收入官。
为了从严治官，从公元1385年至1386年间，朱元璋又三次编出《大诰》，共汇编了案例一万多件，都是惩治全国各地贪污官吏的案件。他将此件大量刊印，要求每户都要有一本。朱元璋在序言中说：“将害民的事例昭示天下，各级官吏敢有不务工而务私，在外贪赃酷民者，务必追究到底，加以惩处。”
公元1385年，有人告发北平二司与户部侍郎郭桓勾结舞弊，贪污税粮，朱元璋派人查实，追出赃粮700万石。朱元璋大怒，下令将六部左、右侍郎以下的官吏全部处以死刑。供词又牵连到各部政司的官吏，又杀了数万人。
朱元璋说：“法不行，无以惩后。”他不仅对普通官吏执法严厉，即使是皇亲国戚、权臣名宦也绝不偏袒。皇亲贵族犯法的杀了不少大将胡大海的儿子胡三舍犯了酒禁即被朱元璋亲自杀死。
胡惟庸犯案被诛后，朱元璋借题发挥，命锦衣卫侦察百官，将那些行为跋扈的、心怀不满的、危及皇家统治的，统统罗织为胡党罪犯，处死抄家。胡惟庸案株连蔓引，共杀掉了官员3万多人，连位居“勋臣第一”、77岁的李善长及全家70多口人也一起被杀。
公元1393年，朱元璋以谋反罪名，发病兵将功臣蓝玉逮捕。蓝玉被砍头，并抄斩三族。凡与蓝玉有接触的朝臣、列侯均坐党夷灭。蓝玉案先后诛杀一万五千人，把军队中功高位显的元勋宿将，几乎一网打尽。
有史学家算来，朱元璋在位期间，几乎杀掉了三分之一官员，为当时治理腐败起到了很强地震慑作用。杀掉这么多人，虽然应天政权得以稳固，但是其中的滥杀成分，也为他的后续的皇权交接产生了一定影响。