史籍记载，秦琼晚年经常生病，身体一天不如一天。有关秦琼得病这件事却有一些争议，因为有人认为秦琼可能是担心自己的处境，于是选择装病，这个可能性存在吗？以秦琼的性格来说，感觉他不会做出这样的事情，而且李世民也不是那种会随意屠戮功臣的君王。除非当时秦琼自保的心思比较强烈，不然以他早年的经历来看，到了晚年的确有可能会饱受伤病困扰。
秦琼早期经历
秦琼是唐朝凌烟阁二十四功臣之一，李唐王朝的开国功臣。在武侠小说之中，他是绝对的正面形象，非常厉害。然而，在李世民登基后，秦琼突然失去了信任，这是怎么回事？
秦琼虽然不是李世民早期起兵时的班底，但这丝毫不影响。毕竟很多收重视的能臣武将，都是后来才来投奔的。
秦琼早年间曾随着张须陀镇压瓦岗军，在张须陀死后，跟着裴仁基投奔了李密。李密对秦琼还是很看好的，委以重任，待遇也十分丰厚。
后来，在于王世充的对战中，瓦岗打败，李密投靠了李渊。而秦琼被俘暂时投奔了王世充。但是王世充这个人非常的多疑，对这些投奔过来的人才，并不是特别的信任，秦琼程咬金这些人都是纷纷的不受重用，最后很快他们就又投奔了李世民。此后，跟随着李世民南征北战，终于讨伐完成，统一天下，秦琼也更是立下了汗马功劳。
在很多人的眼里，秦琼是李世民的亲信。而在玄武门之变中，他也的确是李世民这边的人，但是他与尉迟敬德以及侯君集等人的功劳还是有所差距的。
因此，很多人认为秦琼采取的是中立态度。
晚年多病
其实在这件事上，可能跟秦琼经常生病有关，因身体问题所以难以担任重则，再说李世民也不缺秦琼一个人。而秦琼每逢病时就对人说：“我戎马一生，历经大小战斗二百余阵，屡受重伤，前前后后流的血能都有几斛多，怎么会不生病呢！”
可见在晚年，秦琼颇受疾病所困扰。
但有人猜测，说秦琼是害怕功高震主，兔死狗烹，所以在玄武门之变后称病，远离是非。
其实这个也是有可能的，秦琼是忠于李唐的，并不是李世民个人。而且他为人正直，所以他不可能像其他人那样积极参与，为了帮助李世民不惜对太子一派动手。
毕竟在这样的人眼里，皇位之争并不是他们所能够承担起的，一旦有所闪失后果是很严重的。
贞观十二年（６３８年），秦琼病死，被追赠为徐州都督，陪葬昭陵。
可见李世民对秦琼的功劳还是认可的。