明朝各种案件有很多，但是第一悬案必是建文帝失踪。1402年，大明皇宫内燃起了熊熊大火，这场大火被灭之后，皇帝朱允炆下落不明，随后他的叔叔朱棣顺理成章地登上了皇帝宝座。政权完成了交替，但建文帝去了哪里成了一桩历史悬案。
朱允炆是朱元璋的皇长孙，朱元璋去世时，将皇位传给了善良荏弱的朱允炆，但朱允炆当上皇帝后，因为感到藩王实力太强，威胁到了自身皇位，所以也效仿汉景帝着手削藩，但削藩政策引起了藩王的不满，燕王朱棣以“清君侧”的名义起兵造反，随后爆发了帝国内战靖难之役。
用了四年时间，燕王朱棣打到了金陵，随后守将李景隆投降，打开城门让朱棣大军进入了金陵城。朱棣进城后，由于打的是“清君侧”的旗号，所以不敢直接进宫去找建文帝，而是带兵在城中寻找齐泰、黄子澄、方孝孺等人，这时宫中燃起了熊熊大火，等朱棣进宫后，建文帝已消失不见。
建文帝去哪了，就成了一桩历史悬案。明史记载：“遂阖宫自焚”。建文帝是自焚而死，当时大火灭后，太监带来了一具烧焦的、面目全非的尸体，告诉朱棣这是建文帝朱允炆的尸体，所以此事也就盖棺定论，建文帝死于宫廷大火之，之后的正史也大多采用了这种观点，但从事后的蛛丝马迹看，真相或许没有这么简单。
朱棣当皇帝后，多次篡改史书。关于朱元璋选择继承人一事，朱棣说朱元璋临死前，一直惦记着他，想召他入京准备选他做继承人，但朱允炆伙同谋臣，假传圣旨让他回去了。这显然与事实不符，朱元璋临死前，其实已经察觉到诸藩王可能会威胁朱允炆的皇位，所以下令他们不许回京奔丧，朱棣南下奔丧时，兵部尚书齐泰拿出朱元璋的遗诏，又命令朱棣返回了封地。
朱允炆坐稳皇位，着手削藩时，朱棣却以《皇明祖训》为说辞，打着“清君侧”的名义起兵造反，他击败朱允炆坐上皇位后，又大肆修改《明太祖实录》。朱棣为了将建文帝当皇帝的四年时间从历史中抹去，将洪武朝又延长了四年，这样他就成了大明第二任皇帝，朱棣还不允许史书称建文帝为皇帝，只能称他为建文君。不过假的真不了，史官还是尽可能还原了那段历史。
朱棣在大火中找到了“建文帝”的是尸身，也就是太监带给他的烧焦了的尸体，随后朱棣以皇帝之礼厚葬了他，但史书中却没有建文帝陵墓的记载，今天也找不到建文帝的陵墓，这是件很匪夷所思的事。所以建文帝可能没死，找到了烧焦的尸体并不是建文帝，而是朱棣为了让自己顺利继承皇位，制造了建文帝已死之事，这样即使真的建文帝出现了，也没有人肯相信。
建文帝消失后，据说大明有很多大臣选择了逃跑，显然他们依然忠于建文帝，这点让朱棣很害怕，所以朱棣需要建文帝死掉。但建文帝死在了大火中的说法，很多人不相信，朱棣本人也心存疑惑。《明史纪事本末》等文献记载，建文帝在金川门失守后准备自杀，翰林院编修程济劝他自杀不如流亡，所以建文帝放弃了自杀，和心腹从皇宫暗道逃出，乔装打扮后出家做了和尚。从这以后建文帝就再无音信。
不过之后的明史也提到过“或云帝（建文帝）由地道出亡”，“或曰帝（建文帝）乃为僧出亡”，但真假难辨，不过这些说法也印证了建文帝出逃做了和尚的说法，但是缺少实际证据的支撑。
朱棣本人对建文帝已死的说法，也心存疑惑，所以他一直派人在民间暗中追寻建文帝，例如明史郑和传记载：“疑惠帝（建文帝）亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强”，朱棣怀疑建文帝逃到了海外，所以让郑和率过万人马，以海外交流、展示中国富强为名，暗中追查建文帝的下落。同时，朱棣在国内，也派亲信大臣胡濙以寻访仙人张三丰为名，走遍天下各州郡，追寻建文帝。
永乐二十一年，胡濙突然深夜面见朱棣，两人深谈之后，朱棣的管控就松懈了，随后对建文帝，以及忠于建文帝大臣的平反工作也开始了，可见胡濙给朱棣带来了一个关于建文帝的重要消息。两人交谈了什么已经无从得知。同样，建文帝是否死于大火，是否逃走，逃走后去了哪里，依然是一个历史疑团。