刘邦率军东出与项羽争夺天下后，将关中全权托付给萧何。此时的关中，刚从秦朝的严刑峻法和连年战乱中脱身，民生凋敝、秩序动荡，萧何接手的并非一个现成的稳固后方，而是一片需要重新搭建治理框架的土地。他没有沿用秦朝的严苛旧制，而是以刘邦入关中时的“约法三章”为基础，简化政令、安抚流民，开放秦朝封禁的皇家苑囿，让流离失所的百姓得以入内开荒耕种。
为了让关中成为汉军长期作战的坚实依托，萧何做的第一件事就是摸清家底。早在刘邦初入咸阳时，他便第一时间赶往秦丞相府与御史府，将秦朝留存的全国户籍档案、地理图册、赋税文书全部妥善封存。靠着这些一手资料，他对关中的人口分布、土地数量、粮仓储藏、道路关隘了如指掌，很快便建立起覆盖全关中的户籍统计体系，把散落的劳动力重新组织起来，让荒废的农田迅速恢复生产。
楚汉战争的四年间，刘邦在荥阳、成皋一线多次惨败，数次全军覆没、仅以身免。每当前线陷入绝境，萧何总能从关中调运囤积的粮草，通过层层衔接的转运通道，源源不断送到汉军大营，从来没有出现过断供的情况。更关键的是，他总能在最短时间内从关中征发训练出新的士卒，甚至将部分符合条件的老弱青壮也整编成军，直接开赴前线补充损耗，让刘邦每次溃败之后，都能迅速收拢残部、重整旗鼓，不至于像其他诸侯那样败一次就彻底失去翻盘的资本。
在全力支撑前线的同时，萧何始终小心翼翼平衡着军需征发与民生安定的边界。他推行轻徭薄赋的政策，避免过度征发让关中百姓不堪重负，让这片反复为前线输血的土地，始终没有爆发大规模的民变。即便刘邦多次从前线派使者返回关中“慰劳”，实则监视他的动向，萧何也在门客的提醒下，主动遣送家族中所有能作战的子弟前往前线效力，甚至不惜自污名声强占民田，以此打消刘邦的猜忌，最终稳稳守住了关中这个汉军的唯一大后方。
正是萧何数年如一日在幕后的默默耕耘，让项羽始终面临一个无解的困境：他可以在战场上无数次击败刘邦，却永远无法摧毁汉军的根基。哪怕前线战事再凶险，关中的粮草和新兵总能跨越关隘送到荥阳城下，让刘邦屡败屡战。这份深藏幕后的功绩，最终也让刘邦在称帝论功时，力排众议将萧何列为开国首功，称他是真正“镇国家、抚百姓、给饷馈、不绝粮道”的万世之功人。