《终极笔记》是根据南派三叔的小说《盗墓笔记》改编的，因此主线剧情并没有改变。剧情开始吴邪收到记有格尔木疗养院的录像带，剧情就此开始。那么这个格尔木疗养院究竟是什么地方呢？
关于《盗墓笔记》里那个最神秘的格尔木疗养院的故事，看过原著小说的小伙伴们都知道，陈文锦曾率领11人的考古队去西沙探索过汪藏海的沉船墓。但是他们最后却以失败而告终。
期间这支西沙考古队的11名队员中除了齐羽和解连环神秘失踪以外，张起灵和吴三省也在探索沉船墓的过程中相继离队。最后仅剩的7名成员在服食下尸蟞丹之后，才成功逃出了海底墓，并最终被组织的人所救。后来组织就将这逃出海底墓的7名考古队员全部送到了位于青海省的格尔木疗养院，并把他们严密的监视起来。不仅如此，还在每个队员的房间里安上了监控设备，以此来观察这些考古队员的身体状况。
格尔木疗养院在表面上就是一个给特殊人才休息疗养的地方，但其实这里就是“它”这个组织的秘密研究基地，而他们的研究对象正是这些年服用过尸蟞丹的考古队员。刚开始这些考古队员的身体上并没有明显的变化，但奇怪的是，组织上通过对这些队员们的身体上的检查，发现这些考古队员的身体已经全部停止了衰老。其中考古队员中的霍玲还出现了反复梳头的怪异行为。
随着时间的推移，慢慢的在这些队员的身体上都或多或少的出现了身体尸化的现象，特别是霍玲尸化的最为严重。而且她还开始出现短暂的失忆的现象。
但是“它”这个组织似乎对他们这些考古队员身体上出现的异样毫不在意，而是更热衷于观察这些考古队员的身体变化，以此来获得更多的数据，所以此时的陈文锦就意识到了问题的严重性。于是她下定决心，无论如何都要从这个疗养院逃出去，不仅是为了她自己，也为了其他的队员。但是组织上的严密监视，让他们也只能坐以待毙。
好在天无绝人之路，没过多久，负责这个项目的领导人先后死亡，从而直接导致了针对此次格尔木疗养院的研究活动意外中止。因此陈文锦才有机会带领着她的考古队员们逃离了格尔木疗养院，不久后，格尔木疗养院就被组织彻底废弃了。
陈文锦带领考古队在逃亡的期间，遇到了已经和解连环互换身份的真吴三省，告诉了她关于海底墓的真相，并开始暗中帮助陈文锦。当然最危险的地方也是最安全的地方。陈文锦和他的考古队在逃离了格尔木疗养院之后，他们又折返了回来，将组织已经废弃的疗养院重新利用起来作为他们的藏身点，以便他们进行研究从西沙海底墓那里带回的资料。
后文中，在陈文锦留在格尔木疗养院中的笔记里提到，陈文锦通过整理从西沙海底墓中的瓷器上的雕花，从中找到了云顶天宫的线索。后来吴邪根据线索找到了格尔木疗养院，并在这里发现了陈文锦的笔记和已经尸化成禁婆的霍玲。