秦孝文王是秦昭襄王的第二个儿子，按照古代嫡长子优先继承的原则，理论上秦孝文王没有帝王命。可老天比较照顾秦孝文王，他的哥哥，也就是当时的悼太子早他一步死去，这种情况下秦孝文王才有了三天皇帝命，要不他连这三天皇帝都做不了。至于他的死因，历史上没有明确的交代，主要猜测有以下几种可能。
1、生老病死的自然现象
古代医疗条件落后，人的整体寿命很短，秦孝文王接盘时已经53岁，在那个年代已经算是高寿老人，身体状况肯定不是太好。还有就是古代对守孝这个程序很重视，皇室对此也不能例外，秦昭襄王去世之后，秦孝文王还为秦昭襄王守了一年孝，这一年内不能正式进行登基大典。一年后秦孝文王走完必要的程序，才能正式算一个国家的掌门人，可登基后只做了三天皇帝就去世了。还有一个暗含的因素，那就是他爸爸秦昭襄王寿命太长了，秦昭襄王在位55年，一直活到了75岁。如果直接点说，秦昭襄王的长寿不但熬死了悼太子，甚至秦孝文王也算被熬死的一位，所以秦孝文王继位三天后就去世，可能也是一个生老病死的自然现象。
2、阴谋论
秦孝文王虽然有很多儿子，但是他最宠爱的正牌妻子华阳夫人却始终没有孩子，随着秦孝文王的年龄增大，华阳夫人的危机感日渐增强，因为帝王后宫是一个没有硝烟的战场，每一个后宫女人的兴衰，甚至能牵动一个家族的走势。秦孝文王众多儿子中，有一个叫异人的儿子，异人和他母亲都不受秦孝文王的待见，那个年代各国流行互压人质，这个异人就被送到赵国当人质去了，由此可见异人的处境多么困难。
后来异人被吕不韦发掘，吕不韦将异人包装后推荐给华阳夫人，华阳夫人没有自己的儿子，那个母以子贵的年代，异人的出现正好能弥补华阳夫人的缺陷。华阳夫人就把异人再次重新包装，将异人收为养子，这样她这一派就有了接班人，异人改名换姓摇身一变就成了子楚，也就是后来的秦庄襄王。阴谋论的主要意思就是，异人对秦孝文王心存怨恨，在自己被立为太子后，就开始和吕不韦谋划如何早日上位，所以暗地谋杀秦孝文王这一说法就出现了。
3、前期不知自律
古代没有一夫一妻制的法律规定，所以生活在上层的权贵人物，都会存在妻妾成群的情况，秦孝文王自然也不能免俗，窈窕淑女君子好逑嘛!史料上没有明确记载秦孝文王有多少个女人，但是他有20多个儿子是不争的事实，由于受古代重男轻女思想的影响，秦孝文王有多少个女儿都没记载，由此可见秦孝文王也是一位花花公子。秦孝文王这种不知自爱的纵情享乐，不利于他身体健康，可能这时候自己身体的底子都被损坏了，那么五十多岁离世就很正常了。
以上三种猜测，我个人比较倾向秦孝文王自然死亡的说法。