强化集权统治
为了更有效率地处理国务，建文四年（1402年）八月初一，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。随后扩充内阁至七人。从此内阁开始在明朝政治中发挥越来越重要的作用，甚至清朝仍沿用此制度。
另一方面，由于朱棣是造反称帝的，对大臣有所猜忌，故恢复了洪武年间废除的锦衣卫，重新开始实施明朝的特务统治。随后，永乐十八年（1420年），朱棣又设立了东厂，令亲信太监掌权，加强特务统治的同时提高了宦官的地位。有明一代，特务统治几乎贯穿始终，成为一大特点。
由于靖难之役时，京中宦官提供的情报帮助成祖击败惠帝，成祖即位后便改变太祖以来禁止宦官干政的政策，开始重用宦官。一方面，明朝出现了郑和等著名的优秀宦官，下西洋宣扬国威；另一方面，由于司礼监、东厂等宦官掌权的部门地位提高，且地方镇守、监督采办等重要工作皆由宦官担任（不全为朱棣设置），埋下了日后宦官祸国的种子。
1、继续执行削藩的政策：明太祖在加强专制主义中央集权政治的同时，还把他的二十四个儿子和一个从孙分封在全国各地。一部分授以兵权，命他们驻守北方，抵御蒙古；另一部分则驻于内地各省，使他们监督地方的官吏。在诸王中，以北方诸王的势力最大。为了避免权臣擅政，明太祖又规定诸王有移文中央索取奸臣和举兵请君侧的权利。这种分封制度是与专制主义中央集权政治背道而驰的，势必造成割据的局面。
明太祖死，太孙朱允炆（即建文帝）继位，鉴于北方诸王势力太大，决定采取削藩的办法。他们打算先废去一些力量较小的藩王，然后再及于拥重兵的燕王朱棣。建文元年（1399年），朱棣以入京诛奸臣为名，向南京进兵，于是明统治集团内部的斗争演变为武装的冲突，这就是“靖难之役”。经过四年的战争，燕王棣打败了建文帝，夺取了明朝政权，建元永乐，是为明成祖。
成祖继续执行削藩政策，先后把被封在北方的诸王迁徒至南方，有的被废为庶人。从此分裂割据的势力更加削弱，军政大权再度集中于皇帝。
2、正式设立内阁：明成祖对中央行政机构作进一步的调整，正式设立内阁。内阁的成员由皇帝亲自从官僚中选拔，臣僚多至五人或七人，作皇帝的顾问，在皇帝的指挥下协助办理政事。按规定其品秩不超过五品，且不置官属，无专制诸司之权，诸司亦无须向其汇报政务。但他们朝夕侍内，接近皇帝，其意见和建议对皇帝制定决策具有重要影响。这是在废除丞相后为了加强皇权的又一次改革。
3、重用宦官：明成祖又重用司礼监宦宫，并给予宦官以“出使、专征、监军、分镇、刺宫民隐事”等大权。在当时，宦官与内阁的权势相抗衡，重大政务最后取决于皇帝，皇权进一步巩固了。
4、增设特务机构东厂：洪武十五年（1382年），明朝政府在南京设立了一个保卫皇帝、并从事侦缉活动的军事机构，叫作锦衣卫。到了永乐十八年（1420年），又设立了“东厂”，由皇帝信任的宦官统领。锦衣卫和东厂合称为“厂、卫”。厂、卫专门在南北两京搜捕所谓“妖人”、“叛逆”和“大奸恶”，在厂、卫中有特设的监狱和法庭。厂、卫是极端专制主义中央集权政治的产物，它的出现，也标志着君主专制统治的加强。