书中第一百一十一回贾府众男丁送殡，府中女眷居多，便有盗贼起歹心，妙玉陪伴惜春看家却被盗贼觊觎，第一百一十二回妙玉回栊翠庵后独自坐禅，被盗贼用迷香迷晕后劫走，是死是活未曾可知。但从妙玉的性格来看是绝不会屈从于强盗的，所以妙玉多半会自行了断。正如判词云：“可怜金玉质，终陷污泥中”。
关于妙玉的结局，红学中有很多不同的观点，有的认为妙玉是为了解救宝玉而屈从于一个觊觎她美色很久的权贵，还有的认为妙玉的原型是雍正的侄女，废太子胤礽的小女儿八格格，为躲避雍正的追杀而暂居大观园，最后为了解救大观园的姐妹而现身，之后隐匿于青楼。由于曹雪芹只留下了前八十回，后面的故事谁也无从知晓，红学家们也只能根据一些蛛丝马迹来推测后面的情节，所以妙玉的结局到底怎样只有曹雪芹本人知道，但我们可以肯定的是悲剧结尾。
妙玉是“十二钗”中，唯一一个与贾家既没有血缘关系、也没有婚姻关系的人。但是在故事的主要舞台大观园，她却是住得最久的人：在筹备元春省亲的阶段，她已经入住，比宝黛钗春都要早。
在八十回中，妙玉的故事不多，但已经勾画出一个被迫出家、无依无靠、身在佛门、心向红尘的少女形象。说她是什么公主，或者犯官之女，将来会连累贾府，纯粹是无稽之谈。理由非常简单：她是为元春省亲的盛事，作为一件高级点缀，而被请入大观园的。如果真的有什么身世之谜，在元春省亲这个万众瞩目、并且有众多太监宫女到场的重要节点，偏偏把妙玉请到贾府，不是明白着昭告天下：“我家收容了犯官之女，是跟皇帝过不去”吗？
妙玉就是一个避难之女。而她要避的“难”，也并不是皇帝，仅仅是“权势”。所以贾府昌盛，能够庇护于她；贾府败落，她也失去庇佑。仅此而已。换言之，她更大程度上是贾府盛衰的见证者，而不是参与者，更不是推动者。
确定了妙玉的身份定位，就可以推测八十回之后她的下落了。如果被劫持而走，离开大观园，她的遭遇再悲惨，也与贾府无关了。况且劫持了年轻女尼，还要离开京城，远赴重洋，从技术角度考虑，也太不可思议了吧？
妙玉的判词中有“终陷淖泥中”，判曲中有“到头来，依旧是风尘肮脏违心愿”，预示着妙玉沦落风尘的结局。在大观园中如何沦落？
大观园是贾府的花园或者别墅，并不在原来贾府宅院之内。从宝钗的搬离、迎春的出嫁，大观园开始“风流云散”。我们知道的，探春远嫁，惜春出家，黛玉早夭，宝玉结婚肯定另选新房，不可能在别墅里成亲。李纨是为了陪伴照顾众姐妹才住进园子的，当然也会搬出去。随着经济的恶化，大观园会成为无人管理荒芜之地。
妙玉住的栊翠庵，位于大观园之中。妙玉父母师父已经去世，没有出嫁或者搬离的机会。荒芜的园子里，有个漂亮的尼姑，大概任何浮浪弟子都会生出觊觎之心的。当初妙玉进京，也是同样的原因：被“权势”（岫烟说的，妙玉是“不合时宜，权势不容，竟投到这里来了”）骚扰，父母力不能及，被迫离乡避祸。
妙玉进贾府是十八岁。到八十回后，她已经二十多岁了。经过对宝玉的无望的单恋，她多少有点“春心萌动”。于是受到浮浪弟子的骚扰，她不会决绝地“不屈而死”，而选择了屈从。于是昔日清净的栊翠庵，就成为了变相的娼寮。
妙玉判曲中有一句“又何须，王孙公子叹无缘”。只有这个结局，才能照应上这一句话：当初妙玉千里进京避祸，托庇于显赫的贾府，那些有“权势”的“王孙公子”鞭长莫及，只能自叹无缘。到妙玉沦落之后，这些“王孙公子”（未必是当初家乡的那些人）可以去嫖，就“无须”“叹无缘”了。