许多非洲国家在独立后选择首都时受到殖民时代的影响，但实际上几乎没有选择。当西方殖民者进入非洲时，与宜居的气候或靠近高质量矿藏的地方相比，他们选择的定居点无非是港口交通的需要。因此赤道几内亚将首都设在马拉博，这是历史的必然性，也是无奈的。简单来说，赤道几内亚在20世纪60年代获得自治权后，几乎没有其他选择，所以就把殖民者留下的这个地方作为首都。
赤道几内亚的首都以前不叫马拉博，但葡萄牙人在殖民时期叫福尔摩沙，西班牙人以女王伊莎贝尔的名字命名为伊莎贝尔，自治后改名为马拉博。
1472年，葡萄牙航海家试图寻找一条新的路线去印度，遇到了奥科岛，他称之为“福尔摩沙”。福尔摩沙一词在拉丁文和葡萄牙语都表示“美丽”，意为“美丽的土地”。后来，该岛以其发现者费尔南多的名字命名。
16世纪初，尤其是1507年，葡萄牙人第一次试图在费尔南多定居。建立了一个工厂来开发和种植甘蔗，但由于当地土著人的敌意以及各种疾病肆虐，所以工厂建造失败了。随后该岛转入西班牙人统治，逐渐发展成为与非洲大陆贸易的中转站。后来，西班牙因为国内问题对赤道几内亚失去兴趣，授权英国以该岛为基地镇压奴隶贸易。
西班牙于1855年再次接管该岛，并将改名为圣伊莎贝尔岛，以纪念西班牙伊莎贝尔二世女王。马拉博这个名字是奥科岛上最后一位土著酋长的名字。