侯家先世是“戍籍”。所谓“戍籍”即是有罪充军至某地所记的户籍，被视为贱民之一，至方域的祖父始贵。
祖父
侯方域的祖父侯执蒲，两榜出身，官至太常寺正卿。太常寺司职祭典。天启年间，魏忠贤想代明熹宗行南郊祀天大典，侯执蒲事先得知消息，在魏忠贤不曾矫诏宣布此事以前，上了一道奏疏，说天坛常有“宫奴阉竖，连行结队，走马射弹，狂游嬉戏”，以为“刑余不宜近至尊，而况天神飨祀之地？请下所司论治”。
这是指着和尚骂秃，魏忠贤大怒。侯执蒲见机，辞官而归。在朝时，陈贞慧的父亲陈于庭，当吏部左侍郎，与东林巨头高攀龙、赵南星，并负天下重望，对侯执蒲颇有照应。所以侯陈两家，算起来是三代四辈的交情。
父亲
侯执蒲有子五人，长子即是侯方域的父亲侯恂，以进士为言官。天启四年阉党大攻东林时落职而归。崇祯元年复起，由广西道御史转太仆寺少卿，擢兵部右侍郎，为时不过两年。崇祯三年出驻昌平，称为“督治侍郎”。
其时正当前一年冬天，清兵入关，直薄京城，以及袁崇焕被杀，祖大寿兵变之后，各路勤王之师云集近畿达二十余万之多。负守关全责的是明末第一流人物孙承宗，但道路阻隔，指挥不灵。所以侯恂守昌平，碌碌无所表现，真是坐守而已。惟一的一件得意事，便是识拔了左良玉。
侯方域《壮悔堂文集·宁南侯传》记左良玉辽东人，投军以战功得为辽东都司。有兵无饷，少不得常干没本钱的买卖。有一次抢了一大票，不想竟是运到锦州的饷银，论法当斩。而同犯丘姓很够义气，一肩担承，左良玉得以不死。当然，官是丢掉了。传云：“既失官，久之，无聊，乃走昌平军门，求事司徒公。司徒公尝役使之，命以行酒。冬至，宴上陵朝官，良玉夜大醉，失四金卮；旦日，谒司徒公请罪。司徒公曰：‘若七尺躯，岂任典客哉？吾向误若，非若罪也！’”
按：司徒公即谓侯恂。昌平为明十三陵所在地。侯恂的职责之一，即是守护陵寝。是故冬至朝官祭陵，侯恂以“地主”身份，设宴相待。其中最可注意的是“命以行酒”四字，其中大有文章。