建文元年燕王反叛之初，建文帝以及方孝孺等人，并没有将朱棣放在眼里。以为燕王一隅之兵，要翻天是件天大的难事。善良又有点迂腐的建文帝朱允炆甚至还给手下授了了一道奇特的口谕，不准任何人伤害他的叔叔朱棣，以免让他担上杀叔罪名。
正是这道口谕，燕王朱棣在四年的“靖难之役”中，才敢于亲冒矢石，在两军阵前纵横驰骋而毫发不损。联想到建文初年，徐达之子徐辉祖曾力劝建文帝扣压朱棣之子，建文帝十分犹豫，居然没有同意，结果放虎归山，让朱棣可以无所顾忌了。
二是方孝孺向建文帝推荐了平叛的统帅，他的好友、李文忠之子李景隆。正是这个浑蛋，既打了败仗，又打开金川门迎贼。在此之前，已有人对建文帝说李景隆有异志，但“帝雅信孝孺，遂不复疑，坐成开门之变，盖不免于误国云”(明姜清《姜氏秘史》)。等到最终方孝孺如梦初醒，强烈要求建文帝杀李景隆时，一切都为时已晚了。
三是朱棣军渡过长江，南京危在旦夕之时，方孝孺又支了一个最臭的招儿。其时，“帝忧惧，或劝帝他幸，图兴复。孝孺立请守京城以待援兵，即事不济，当死社稷”。
眼看南京不保，有人劝说建文帝暂避，毕竟，大半个中国，仍在建文帝控制之下。好汉也不吃眼着亏嘛。可是方孝孺力主守城，以待援兵。他甚至说：“即事不济，当死社稷”，居然要让皇帝以死酬志，可见迂腐之极。结果是陈碹以战舰降燕，李景隆打开了城门，建文帝也在一场大火之后“不知所终”了。
靖难之役简介
明太祖朱元璋把儿孙分封到各地做藩王，藩王势力日益膨胀。因太子朱标早死，皇太孙朱允炆继位，年号建文，是为建文帝。
建文帝与亲信大臣齐泰， 黄子澄等采取一系列削藩措施，决定先削那些力量较小的藩王，于是首先袭执周王朱炆，把他废为庶人，又拘代王朱桂于大同，囚齐王朱炆于京师，湘王朱柏自焚死。与此同时，也在北平周围及城内部署兵力，又以防边为名，把明太祖第四子燕王朱棣的护卫精兵调出塞外戍守，准备削除燕王。
建文帝以为准备停当了，便秘密下令擒拿朱棣，但是没有成功，再加上削藩措施严重威胁藩王利益，坐镇北平的朱棣于1399年(建文元年)，起兵反抗，随后挥师南下，史称“靖难之役”。战争持续四年。
此时建文帝已无大将可用，只好起用幸存的老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，而建文帝也缺乏谋略，致使主力不断被歼。朱棣以北平 (今北京)为基地，适时出击，灵活运用策略，经几次大战消灭官军主力，最后乘胜进军，于1402年(建文四年)攻下帝都应天(今江苏南京)。
战乱中建文帝 下落不明，或说于宫中自焚死，或说由地道逃去，隐藏于云、贵一带为僧。同年，朱棣即位，就是明成祖。第二年，改元永乐，改北平为北京。1421年，迁都北京，称北京为京师，南京为留都。