《沉默的真相》杀人抛尸被发现竟然还能当庭翻供，真相到底是什么呢？严良作为刑侦队长又该如何处理？然而，匿名信突然出现，剧情又会怎么发展呢？
案发当天，张超人在异地，口供却与案情极其吻合，尤其他先承认杀人紧接推翻，严良找不出其中关联动机，其他人也都毫无头绪。正当专案组陷入迷茫状态之际，张晓倩忽然收到一封匿名信件，里面放有一张局部照片和几十字内容，落款“HGP”。
通过内容了解，寄信人打算发动九宫格游戏，从即刻起每隔三天邮寄一张照片，连续二十四天凑足九张照片公开杀害江阳的凶手，并且要求《江潭晚报》务必将照片刊登头版，否则便会引爆安装在城市某处的炸弹。
主编陈明生得知此事后惊喜交加，立马吩咐张晓倩让采编室准备短讯，顺带向江谭市局汇报交接。由于张晓倩先前撰写过关于卧底刑警刘明洋的报道，继而引发热议，导致她名气大涨，极具号召力。
或许刊登照片将会引起社会恐慌，但是严良敏锐发现寄信人同样提及二十四天，这与张超所言不谋而合。专案组经过详细讨论后，决定将计就计，采用限量发售、定点投放报纸的方式，引蛇出洞。
虽然张超否认九宫格照片跟他有关，但是暴露一个重要细节，他作为高度近视眼患者，从未坐过地铁三号线，却在抛尸当天不带眼镜，准确找到南门出口，除非事先早已踩点。
属下开车载着严良来到案发现场复查，抵达时已近半夜，房子面积不大，客厅连接阳台，经由月光照射，站在门口便将全貌打量清楚。俩人勘验尸体所在位置，没想到一名女子竟从窗帘后面出来，此人正是李静，伴随灯光亮起，逐渐露出姣好面容。
李静不仅漂亮还有气质，面对严良盘问毫无畏惧，反而大方回答相关问题，包括她对江阳的不堪印象。即便江阳曾是张超得意门生，可他本人声名狼藉，不但在检察官期间收受贿赂，还向张超借走三十万赌博，并且和别人保持不正当男女关系，致使前妻选择离婚。
专案组取回物证鉴定科的结果，再结合刑警老刘在江潭晚报所采集的信息，因此确定照片只有张晓倩和陈明生的指纹，而信封上的指纹则是收发室老周，以及邮局工作人员。指纹没能提供有用线索，寄发信件的神秘人也具有反侦察能力，专案组唯有对比照片背景，确定背景出自平康县的峰山路。
严良和刘明洋既同事亦同学，俩人关系甚好，可惜在那次任务中，严良因阑尾炎手术无法参加，最终换成刘明洋，从而造成他的死亡。张晓倩对刘明洋十分了解，同样也跟踪采访过江阳，两个人拥有相同的悲剧性，只不过刘明洋成为英雄，被众人尊敬，而江阳在期满释放后靠着维修手机度日，直到遇害。
调查毫无进展，严良打算从江阳处入手，他在遗物里发现侯贵平的身份证复印件，敏锐察觉侯贵平的拼音首位字母与匿名信落款相同。任玥婷看到江阳在检察官手册里留下的名字，立马调取侯贵平档案，果然地址正是平康县，只不过人早在2000年就已去世。
张晓倩建议严良去找吴爱可了解情况，她是江阳前女友，也是影响改变江阳一生的人。严良和任玥婷根据地址来到吴爱可家中，此时吴爱可已为人妇，但她提及江阳时，仍是带着满满爱意。
八年前的江阳，正值意气风发，在外人眼中看来，他是足够出色且令人骄傲，不仅以优异成绩考上研究生，进入检察院，甚至被单位列为重点培养对象，直接提拔为侦查监督科科长。当时吴爱可的父亲任市检察院副检察长，非常支持女儿跟江阳交往，两个人恩爱甜蜜，甚至进展到谈婚论嫁，奈何因为李静的出现，彻底打破这份安稳生活。
李静与江阳是同学，因相貌出众成为班花，纵然追求者数不胜数，可她唯独爱上穷小子侯贵平。然而侯贵平支教时突然死亡，学校对外宣称他外出游泳时溺河所致，但是警方的结案材料里却写着侯贵平强奸妇女，因为拒绝逮捕逃跑，意外坠河。
江阳信任侯贵平人品，李静也在两年内找到很多可疑线索，其中包括侯贵平支教班级的一名女孩喝农药自杀，死前曾遭性侵，后来侯贵平为她屡次向上级领导举报调查申请，结果全都石沉大海。
李静认为侯贵平死于谋杀，所以想让江阳帮忙翻案，找出真相。江阳从事检察官工作已有时日，早就见惯许多疑难悬案，更知道实际办案的困难导致最后妥协。妥协，是一个人成熟的标志，可惜吴爱可并未深思熟虑，她对这起案件抱打不平，要求江阳坚持正义，彻查到底。正是因为当初的年轻冲动，吴爱可便把江阳推向一条孤独的路，并且越行越远。