明清易代的动荡乱世之中，方以智以一代通儒的学识，跳出传统儒学的义理框架，在晚明西学东渐的风潮中，融合中国传统格物之学与传入的西方自然科学知识，以《物理小识》为核心著作，系统探究天地间万物的生成运行规律，成为中国近代自然科学思想的重要先驱，在17世纪的中国思想史上留下了独树一帜的印记。
家学渊博，在通儒氛围中养成格物志趣
方以智出身安徽桐城的官宦世家，家中数代传承易学与物理之学，曾祖父方学渐便著有《物理小识》的早期草稿，外祖父吴应宾精通天文历算，父亲方孔炤是晚明著名的易学家与地理学家，曾亲自校勘过《崇祯历书》的部分内容。生长在这样的学术世家，方以智自幼便接触到传统儒学之外的广博知识，从小就养成了对天地万物运行规律的强烈好奇心。
青年时代他游学南京、北京等地，与当时来华的西方传教士汤若望等人密切交往，系统学习了西方传入的天文历法、几何数学、光学力学等自然科学知识，同时又遍历中国的名山大川，亲自观察各地的山川地貌、物产矿藏，向民间工匠请教生产技艺，积累了大量一手的实物观察经验，为他后来构建自己的格物思想体系打下了坚实基础。
穷究物理，构建跨中西的自然认知体系
方以智明确提出“质测之学”的核心概念，把探究万物具体运行规律的自然科学，和探讨形而上义理的哲学区分开来，认为“物有其故，实考究之”，所有事物背后都有可被实证的客观规律，不能只靠空泛的义理推演来理解世界。他花费数十年时间撰写的《物理小识》，全书共十二卷，涵盖天文、地理、物理、化学、生物、医药、技艺等多个领域，几乎囊括了当时中西方已知的大部分自然科学知识。
在这本书里，他结合西方的光学知识与中国传统的实验经验，明确提出“光肥影瘦”的光学原理，正确解释了光在传播过程中衍射的现象；他通过实地观察与文献比对，提出了“地体恒动”的地动观点，突破了传统“天圆地方”的认知局限；他还记录了大量民间的采矿、制曲、冶金工艺，从物质构成的角度解释了金属置换、粮食发酵的底层逻辑，完全跳出了传统文人轻视技艺的偏见。
乱世传薪，在颠沛流离中完成思想传承
明清鼎革的战乱之中，方以智从北京辗转逃到岭南，后来在广西梧州出家为僧，此后数十年间始终在东南一带颠沛流离，即便在逃亡的困境里，他也始终没有停下对格物之学的研究。他在逃亡途中不断修订《物理小识》的手稿，补充自己沿途观察到的各地物产与自然现象，还把自己的格物思想融入到《通雅》《东西均》等多部著作之中，把自然科学的实证精神，延伸到语言文字、哲学思辨等多个领域。
他的三个儿子方中德、方中通、方中履全部继承了他的格物志趣，其中方中通撰写的《数度衍》，是中国最早系统介绍西方数学的著作之一，方中履撰写的《古今释疑》，进一步完善了父亲的格物思想体系。方以智最终在江西万安的惶恐滩自沉殉道，以生命完成了自己的遗民气节，而他留下的格物之学，却在清代的学术脉络里悄悄传承，为后来乾嘉学派的科学实证研究埋下了最早的思想种子。
方以智以一代通儒的胆识与学识，在传统儒学占据绝对主导的时代，为中国的自然科学探索开辟出了一条全新的路径。他融合中西、注重实证的格物精神，打破了古代文人“重道轻艺”的千年偏见，成为中国近代科学思想萌芽阶段当之无愧的先驱人物。