万历二十九年，沈一贯正式出任内阁首辅，接手的是一个早已在矿税纷争中撕裂的朝堂。此前五年，万历皇帝为填补宫殿重修的巨额开支，绕过文官体系直接派出矿监税使奔赴全国，在各地以开矿榷税为名大肆搜刮财富，搜刮来的银两全部归入皇帝的内帑私库。数年之间，矿监税使横行南北各地，勒索商户、侵占民产，激起多起民变，朝中反对矿税的谏疏如雪片般飞入宫中，万历却始终以强硬姿态回应，大批上疏反对矿税的官员被廷杖、下狱、贬黜，整个朝堂在矿税问题上陷入了长达数年的僵局。
沈一贯主政之初，没有选择直接和万历正面硬刚。他深知这位数十年不上朝的皇帝，早已把矿税的收入视作自己的核心利益，贸然激烈反对只会重蹈此前言官的覆辙，不仅无法推动矿税废止，反而会彻底失去和皇帝沟通的机会。他一边暗中保护那些因反对矿税获罪的官员，尽可能为被贬谪的朝臣争取从轻发落的机会，一边不断在面圣奏对、上呈密疏的过程中，循序渐进地向万历陈述矿税激起的民变隐患，提醒他地方民怨已经积累到了临界点，再不收敛很可能酿成全国性的动荡。
万历三十年的春天，万历皇帝突然病重，甚至到了自觉将不久于人世的地步。他深夜紧急召沈一贯进入西暖阁托孤，当着沈一贯和太子、众后妃的面亲口下旨：矿税是当年为了重修宫殿才临时施行的权宜政策，如今一切织造、烧造、矿税全部停止，派出的矿监税使全部召回京城。沈一贯捧着这份遗诏泪流满面，连夜赶回内阁，召集阁臣和六部官员连夜拟旨，只等皇帝驾崩之后就立刻昭告天下，为祸数年的矿税弊政眼看就要就此终结。
可万万没想到，万历昏睡一夜之后病情突然好转，身体迅速恢复如初。清醒过来的万历第一反应就是后悔了——停罢矿税就等于断了自己的私用财源，他立刻派出二十多名宦官连夜赶往内阁，不顾一切要追回之前的遗诏。宦官们围着沈一贯磕头，额头撞得鲜血直流，声称拿不回圣旨就要被皇帝处死，沈一贯在万般无奈之下，只能把已经拟好的谕旨交还给了宦官。消息传开，满朝哗然，不少人痛斥沈一贯软弱怯懦，司礼监太监田义更是当面怒骂他，只要再坚持片刻矿税就能彻底废除，沈一贯却始终没有为自己的选择过多辩解。
经此一事，沈一贯再也没有等到彻底废止矿税的机会，在之后的主政岁月里，他只能在万历的强硬态度和朝臣的激烈反对之间尽力周旋，尽可能约束矿监税使的极端恶行，减少矿税对民间的过度盘剥。直到沈一贯辞官归乡，矿税始终没能在万历朝被废除，这场横跨十余年的矿税纷争，最终成了万历一朝君臣之间无法解开的死结。沈一贯作为身处权力夹缝中的首辅，既没能顶住皇帝的压力保住停罢矿税的谕旨，也没能完全站在朝臣一边彻底推翻矿税体系，他的两难处境，恰恰是万历中后期整个大明朝堂治理困局的真实缩影。