埃塞俄比亚正教是埃塞俄比亚国内的最大宗教，学术上指埃塞俄比亚地区的东正教。埃塞俄比亚在世界上，是东正教徒第二多的国家。
中世纪
受到后来窜起的伊斯兰民族的势力影响，阿克苏姆王朝退出了阿拉伯半岛。并失去了贸易带来的优势。也因此和其他基督教世界降低了往来。
十二世纪阿克苏姆王朝被阿高人（Agaw）取代建立了扎格维王朝。在这段期间拉利贝拉国王（Gebre Meskel-Lalibela）建造了十一座花岗岩教堂，这些教堂是直接从花岗岩脉上往下雕刻而成的。
而在之后则是由所罗门王朝取代，建立所罗门王朝的施瓦王国皇室自认是示巴女王与所罗门王的后代。今日的埃塞俄比亚正教会依然传承著圣柜被保存在阿克苏姆的锡安的圣玛利亚教堂的说法，并由一位僧侣担任守卫且世代相传。
大分裂
1439年8月28日，教宗尤金四世派使节给埃塞俄比亚皇帝札拉·雅各布向他建议推动教会的合一，也就是使埃塞俄比亚正教会并入天主教，但这并未获得皇帝的认同。在16世纪时，葡萄牙人联合他们的阿拉伯盟军进攻埃塞俄比亚，强迫他们承认罗马教皇的权威，要求他们向罗马教廷进献娈童。
天主教徒这次入侵取得了胜利，最后使得埃塞俄比亚皇帝苏西尼约司（英语：Susenyos I）改宗为天主教，并在1622年宣布天主教为国教。次年，教宗国瑞十五世任命了一位耶稣会会士阿方索·门德斯为埃塞俄比亚宗主教。然而，门德斯宗主教对埃塞俄比亚的教会施行的过于急进的拉丁化政策，招惹了原先奉行埃塞俄比亚正教会礼仪的群众的反感，这导致了在苏西尼约司过世后其继任者法西里迪斯（英语：Fasilides）对天主教的禁止。
直到1839年，天主教在埃塞俄比亚的活动再度由遣使会与嘉布遣会逐渐恢复。二战期间的1935年至1941年，意大利占领了埃塞俄比亚，再次屠杀正教教徒，强迫幸存的正教徒承认教皇权威，从而形成了今天的埃塞俄比亚礼天主教会。
在1951年10月31日，罗马天主教会重设代牧区。1961年2月20日，埃塞俄比亚礼天主教建立了一个都主教区阿迪斯阿贝巴以及两个教省隶属教区-阿斯马拉教区和阿迪格拉特教区。随后，厄立特里亚自埃塞俄比亚独立，位于厄立特里亚境内的阿斯玛拉教区也在1995年分出两个教区－克伦教区和巴伦图教区，加上2003年，建立的埃塞俄比亚南方各族州恩迪比尔的教区，以及在2012年，再度由阿斯玛拉教区分出了瑟格讷伊提教区，埃塞俄比亚礼天主教分别在埃塞俄比亚有三个与厄立特里亚的四个教区共七个教区。
近代改革
埃塞俄比亚正教会在近代有一连串的改革，比如说在十九世纪初期出现的依埃塞俄比亚的通用语言阿姆哈拉语的圣经，这些译本大部分是基于阿布·鲁米译自埃塞俄比亚正教会传承的吉兹语圣经作编辑的。后来在1960年由埃塞俄比亚皇帝海尔·塞拉西一世定位出一套公定版本的阿姆哈拉语圣经。
另一个变化是在1948年由埃塞俄比亚和埃及特普特教会之间开的一场会议，主题是给予埃塞俄比亚正教会自主权。最后亚里山大科普特教宗任命了五位主教并给予他们选出下一任宗主教的权利。并允许在时任总主教阿布纳·柯娄罗斯四世（Qerellos IV）的继承者将拥有任命主教的权利。这项任命的结果是在1951年由亚历山大科普特教宗若瑟二世任命了阿布纳·巴西罗斯（Basilios）为总主教。并在1959年由亚历山大科普特教宗封赠巴西罗斯宗主教以及卡托利科斯这两个头衔。
自此伊索比亚正教会就成为有自主权的宗主教制教会，埃塞俄比亚正教会的头衔转为全埃塞俄比亚的宗主教及卡托利科斯（Patriarch Catholicoi of All Ethiopia）。