崇祯十七年（1644年）三月十九日，李自成率领大顺军攻下了北京，崇祯皇帝朱由检在紫禁城北面的煤山（今景山）自缢殉国，明朝灭亡。由于明朝实行的是两京制，即除了国都北京外，还有一个留都南京，其行政机构设置和北京一样，也设有六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构。当京师陷落，皇帝殉国的消息传到南方后，做了两百多年“备胎”的留都南京便立刻开始运转，并组建了新的朝廷，历史上将这个由明朝残余势力组建的政权称为南明。
南明成立之初，形势还是比较有利的，除了有一套完整的行政班底外，南明还拥有数量庞大的军队，其中光是镇守武昌的左良玉一部，就拥兵八十万之众。“江北四镇”中，每镇都有数十万的兵力。此外，在福建、湖广等地的明军数量也相当可观。然而，就是这样一个看上去形势一片大好的新政权，结果却不堪一击。仅仅过了一年时间，清军就轻松攻下了南京。这其中到底发生了什么呢？
其实之所以会发生这种情况，跟南明建立之初的一件大事息息相关。正是因为这关键的一步走错，才导致了后面步步出错。这件大事就是南明在拥立新君问题上的争执。
中国有句老话叫“国不可一日无君”。因此，南明朝廷建立后，当务之急就是要从明朝宗室中的诸藩王里面选出一位来做皇帝。从血缘亲疏方面来看，福王朱由崧（万历皇帝之孙、崇祯皇帝堂兄）显然是第一人选。可是，福王的父亲老福王朱常洵当年在“国本之争”问题上曾和“东林党”大臣们结下了私怨。东林党人害怕福王登基后会找他们翻旧账，于是就主张国家在非常时期，应该拥立更为贤明的潞王朱常淓（隆庆皇帝之孙，万历皇帝之侄）为帝。但是，这一主张遭到了大部分朝臣的反对，甚至有小部分东林党大臣也认为拥立福王才是名正言顺之举。
在拥立新君的问题上，南明兵部尚书史可法最有话语权（南京兵部尚书为留都百官之首）。但身为东林人士的史可法虽然也想拥立潞王，可又担心这样做会造成内部分裂。经过再三权衡，史可法和时任凤阳总督的马士英达成协定，既不立福王，也不立潞王，而是拥立桂王朱常灜（万历皇帝第七子）为帝。这一折中方案虽然让大家都不太满意，但还算可以接受。