崇祯皇帝自缢以后，明朝政权并没有完全消亡，很多皇室宗亲以及文武大臣都逃到了南方，并且由福王朱由崧在南京建立了南明政权。不过南明仅仅维持了39年，便被清军所灭，为何南明没有像南宋那样能延续百年呢？很多人都觉得南明的处境和南宋相似，实则不然。南明政权有着十分严重的内部问题，而且清军在当时也拥有极强的战斗力，根本就没给南明扎根的机会，从而被快速消灭。
南明与东晋、南宋的情形比较相似，都是华夏民族遭到当时的异族入侵，北方疆域沦陷而跑到江南建立的延续政权。那为何东晋与南宋能延续百余年国祚，而南明却扛不住呢？
原因一：南明的帝位之争不断，始终没有建立较为有效的中央政权。
自北京失陷、崇祯帝自缢之后，南京虽有完整的官僚人员配置，但并没有能迅速建立能获得广泛认可的政权。崇祯帝虽然殉国，但皇子们却下落不明。在皇子们的下落被弄清之前，南明政权的合法性就会遭到质疑，也就不会得到广泛拥护。其后，南京与北京也都出现了“崇祯太子案”，就使得福王政权在政治上陷入了被动。
福王政权覆灭之后，南明更是各地为政。浙江抗清义军及明朝官绅拥立鲁王朱以海监国，福建的郑芝龙拥立唐王朱聿键在福州登基称帝，两个政权谁也不服谁(鲁王与唐王，分别是朱元璋的第十子系与第二十三子系)。其后，又有“唐桂之争”，双方甚至为帝位而兵戎相见(桂王是万历帝的第七子系，按法理应由桂王朱由榔承继皇位，但福建的郑氏拥立唐王系称帝在前)。甚至广西的靖江王王朱亨嘉也想黄袍加身(靖江王系是朱元璋之侄朱文正之后，按宗法根本不具备继统的资格)。
而反观东晋与南宋，晋元帝司马睿与宋高宗赵构的地位都比较稳固，并没有受到强而有力的挑战。即便宋高宗时期，发动了苗刘兵变，也是逼迫宋高宗将皇位禅让给其三岁的皇太子赵旉(赵构的独生子)。故而，晋元帝司马睿与宋高宗赵构作为华夏政权的延续，不但得到江南地区的广泛认可，也是北方汉人心中的唯一正统所在。
原因二：明朝的党争，促使了南明政权的分裂。
南明的最为关键时期是定都于南京的福王政权，而南京一带的江南地区，是东林党的势力中心。可是，而东林党与福王系却素有仇怨。明朝万历时期，有“国本(太子)之争”，万历帝很疼爱郑贵妃生的儿子朱常洵(福王)，想废长立幼、立朱常洵为太子，遭到了东林党的极力反对而最终未果。在崇祯帝殉国、皇子们下落不明之后，无论从继位法理上，还是从客观条件上(其时朱由崧逃难于淮安，是离南京最近的近亲藩王)，都该立福王朱由崧(朱常洵之子)。
但是，东林党却主张“立贤”，想拥立潞王朱常淓(万历帝之侄)为帝。表面上是为了江山社稷，实际上却完全是东林党的私心作祟。明朝对藩王的限制极严，藩王“贤与不贤”很难断论。而古代皇位继承制度之所以要坚持“立长不立贤”，就是要有效避免皇位争夺。而东林党却在此时主张“立贤”，就是给早已混乱不堪的国家再度添乱。从朱常淓的后来表现来看，也并不比朱由崧贤能。
东林党之所以不愿意让朱由崧嗣位，是因为在东林党派大臣的心中有过不去的槛。东林党在万历时期好容易才赢得了国本之争，其对手就是郑贵妃--福王朱常洵，而如今再拥立朱常洵之子嗣皇帝位。一方面，等于说东林党的当初努力白费了。另一方面，东林党人也害怕福王朱由崧的政治报复。
结果，却为马士英提供了可趁之机，做了福王政权的定策元勋。东林党人虽不得不承认既成事实，但背地里却使坏，甚至希望福王政权垮台。当南京出现了太子案时，东林党人一口笃定南京出现的太子是真太子，其目的就是要否认掉福王政权的合法性(实际上，北京的太子是真，却被多尔衮以假太子处死；而南京的太子是假，却被东林党人笃定为真)。