康熙五十八年二月，隆科多的父亲佟国维去世后，宗人府以其子承袭公爵请旨，被康熙帝留中，直到去世都未指定承袭人。隆科多未能承袭父爵，可能因此对康熙产生不满。
过去的京城，有“内九外七皇城四”的说法。就是说，内城分别由九门司出入，这九门是以皇宫正南为界，左右分布着各大衙署，我们熟知的六大部、都察院、大理寺都在这里。而正南就是正阳门，即今天的前门，东西分别是崇文门、宣武门。向北东西对称，朝阳门对阜成门，东直门对西直门。北边是德胜门对安定门。内城是国家办公区。
在康熙朝满文朱批奏折中，可见隆科多除完成本职任务外，也办康熙交给的机密事情，如囚禁大阿哥允禔、废太子允礽等事。康熙五十九年，隆科多又兼理藩院尚书，仍然担任九门提督。保证皇帝的绝对安全，是九门提督的首要职责。
隆科多因为什么与雍亲王交结并最终在关键时刻倒向雍正？这又是一个谜案。这里有几个问题需要厘清。
第一，隆科多什么时间倒向雍正？
雍正帝即位初，在给年羹尧的朱批中说：
舅舅隆科多，此人朕与尔先前不但不深知他，真正大错了。此人真圣祖皇考忠臣、朕之功臣、国家良臣，真正当代第一超群拔类之稀有大臣也。--雍正朱批年羹尧奏折
有人认为，这是雍正为调和年羹尧与隆科多二人的关系，故意把隆科多拔得很高。但这是雍正即位后第一次与年羹尧的通信，时间是雍正元年正月。雍正即位后与年羹尧尚未见面，当时年羹尧不可能有藐视隆科多的事。而“此人朕与尔先前不但不深知他，真正大错了”一句，很有深义，说明雍正与年羹尧以前没有特别注意到隆科多。“大错了”是什么意思？因为没有深知？还是隆科多做出了让雍正刮目相看的事情？联系后面所说的“朕之功臣”，应该含有“悔之晚矣”的意思，正面表达是及早发现才是。这说明，隆科多最终倒向雍正，成为“朕之功臣”，是不久的事情，具体说是康熙去世前隆科多选择了雍正，而不是其他皇子。
第二，隆科多什么时机倒向雍正？
雍正与隆科多必须有单独且密集接触的机会，而这个机会就是由雍亲王领衔，带领隆科多等人一道盘查京通各仓。清代运抵京师的漕粮，收贮于仓场。……仓场在京城、通州共有十四仓，统称“京通十四仓”。
这项工作非常琐碎，经过九天的紧张工作，到十月十八日，众人将通州西、中、南3仓，共376廒全部盘查完毕，并向康熙奏报。通州盘查完毕后，第二天查弼那外放两江总督。盘查开始转向京仓，人员也减少为五人。又经过18天的工作，到十一月初六日，查勘京城海运8仓、清河本裕1仓，共562廒。当天，雍亲王带领查仓人员向南苑行围中的康熙帝汇报。第二天，康熙帝得病，自南苑回驻畅春园。
以上雍亲王奏报与延信密奏，在时间、地点、具体事项，特别是康熙患病时间上，完全吻合。
按常理说，雍亲王应该把京城11仓全部盘查完毕，才向康熙奏报。当时还有三仓没有盘查，就向康熙奏报，是否雍亲王提前得知康熙的身体“出了状况”？
查仓工作由雍亲王牵头，他是负责人，因此他可以利用这一机会，把工作分成两三个组，分头查仓，而故意把隆科多分派在自己一组。因此，两人单独接触的机会很多，时间很长。可以推想，隆科多就在此时，在雍亲王的威胁利诱下，决定归附雍亲王。研究者认为，他们可能对当时的形势做了推测，约定以后要见机行事，共同行动。否则，雍亲王无法做到在康熙明确下旨，不让任何人进畅春园请安，甚至连国家政务都明令停止的情况下，能够每日三番五次到畅春园“请安”，特别是康熙临终当天，雍亲王五次进寝宫，毫无疑问，是隆科多帮助。孟森先生说：“隆科多之侍疾，可以独承专责，不足怪也。”
第三，隆科多为什么要背叛康熙？
允禵完成驱准保藏后，回到京城，受到隆重迎接，但康熙并没有明确宣布立允禵为皇太子。这可能让隆科多产生观望，雍亲王乘虚而入。而隆科多在最关键的时候背叛康熙，是因为康熙没有让他继承父亲的爵位。
康熙五十八年二月，隆科多的父亲佟国维去世后，宗人府以其子承袭公爵请旨，被康熙帝留中，直到去世都未指定承袭人。隆科多未能承袭父爵，可能因此对康熙产生不满。
另外，在重大利益面前，人的选择大多是趋利避害。可以推想，隆科多拥戴十四子允禵，由于同允禩、允禟等人已有积怨，非但不能换取特殊回报，仕途也不容乐观，而拥戴雍亲王，则会是另外一种结果。孟森说“隆科多独出此道，以博非常之富贵”，大概也是从时局的判断得出。
在以上情况下，隆科多最终帮助雍亲王入主大内成为一代帝君，他本人也得到非常之回报。