乾隆三十三年（1768年）六月初七日，新上任的两淮盐政尤拔世上奏折说：上年两淮盐政普福奏请预提戊子纲引目，仍令各商每引缴银3两，以备公用，”共缴贮运库银二十七万八千两有零”，普福任内共动支过85000余两，其余现存19万余两，请交内务府查收。
乍一看来，这是一般的新旧盐政交接的例行公文，只讲预提盐引上缴的银子收支情形，没有说它有什么问题。如果是粗心大意的平庸之君，或者是虽然精明但对盐务不甚了解记忆力差的皇帝，就会把它当作鸡毛蒜皮的小事，不值一提，看过就扔在一边了。然而，乾隆可不是这样的君主，他立即感觉到此事非同小可，命令军机大臣查检档案。
发现档案对此没有记载后，他便断定这是个大案子，马上下谕清查此事说：此项银两，盐政从未奏明，私行动用，甚是骇异。军机大臣翻阅户部档案，没有找到造报派项用数的文册，”显有蒙混不清，私行侵蚀情弊”。且自乾隆十一年提引之后，”每年提引自二十万至四十万不等”，若以每引缴银3两计算，”二十年来银数应有千万余两，自须彻底清查”。但年岁久远，头绪纷繁，尤拔世一人不能独办，著江苏巡抚彰宝秘密赶往扬州，会同盐政详悉清查，”务使水落石出”，不准隐饰瞻徇姑息了事。
高恒在两淮盐政任职时间最长，乾隆即谕令军机大臣在询问普福的同时，分别询问了高恒在盐政任内的盐引收入和开支情况。但高恒说，在盐引收入内扣存公用，曾报告过，至于开销，因头绪繁多，一时记不起来，盐政衙署有档案可查，请尤拔世详查并报告中央就是了。高恒的话似乎有理，但实则一推了之，似乎与他无关了，可事实并不是这样。事关上千万两银子的收入，当然是要细细核查的。
至六月二十五日，已经查明任内收受商人银两十三万两，普福任内收受丁亥纲银两私行开销已达八万两，其历年要商人代购物件，借端虚冒报销者尚未清查。为此，中央谕令将高恒、普福的职务即行撤销，严行看守。
至九月十三日，本案的清查审理已经基本清楚。江苏巡抚彰宝等向乾隆作了审理此案的报告：预提第二年盐引，本系奏准办理之事，没有差错，但每引有多少余利及要征收公银一事，历任盐政竟然隐匿，并未奏报，”居心实不可问”。传讯众盐商后得知，历年以来，”共获余利银一千九十余万两”，其中办贡品及预备（南巡）差务用银467万余两，尚欠交”余利银六百数十万两”。另外，送过高盐政（高恒）银135900余两，代普盐政办如意银320两，代吉盐政办贡物垫银3000余两。
江苏巡抚彰宝这一折子，震惊朝野，因为它涉及到四个大问题：其一，巨款去向。这可不是千儿八百的区区小数，而是一千余万两，相当于朝廷全年收入的四分之一，如是贪污，那可是前所未有的特大贪案。其二，上涉圣躬。盐商供称的办贡是进献皇上，差务是天子连续四次下江南巡幸扬州。乾隆帝一向宣称拒收贡物，禁绝献宝，出巡费用皆系”官为经理”，不取于民，那么，这460余万两银子又作何解释。
其三，牵连广泛。从乾隆十一年到三十三年的二十年里的盐政、运使、同知、江苏巡抚、布政使、按察使、两江总督、扬州知府等等数十名地方高级官员，皆难辞其咎，不是侵吞分肥，便是收受贿赂，至少也是失察疏纵，按律究治，难逃革职降级处死籍没充军的恶运。
两淮总商和一些富商也不能幸免，官商二界势必惊惶不安，人心浮动。其四，皇亲难参。总商黄源德等交过银的高盐政，可不是一般无足轻重的小官，而是皇贵妃之弟、相爷之子、为帝宠信的高恒。高恒之姐系乾隆即位以前的侧福晋，深受夫君宠爱，卒后乾隆帝亲谥以”慧贤”。
恒之父高斌，任至大学士、军机大臣、内大臣管两江总督等职，乾隆帝赞其治河成绩显著，”功在民间”。高恒的堂兄高晋，此时正任两江总督。高恒凭仗姐、父、兄的权势和帝恩，历任要职，青云直上，飞黄腾达，管理多处关税，乾隆二十二年起任两淮盐政，直到三十年因高晋为两江总督，例当回避，才调入京师，授内务府总管大臣。正因为高恒权势显赫，所以彰宝只奏请将现任盐运使赵之璧暂行解任，而对高恒只字不提，不敢奏请将其革职拘审。
对于这样一桩重大案件，一开始乾隆是十分认真对待的。他读过彰宝奏折后，于当日及第二日的两天里，连下八道上谕，责令严查严办。第一道上谕是革高恒、普福、前运使卢见曾等官职衔，以前赏给总商黄源德、江启源等人的布政使、按察使衔，均予革去，交彰宝审讯。第二道上谕是查封卢见曾原籍赀财。
第三道上谕斥责两淮盐商欠银冒赏，令其交足”未缴余利银六百数十余万两”及冒滥支销之银，并赔交历任盐政的亏空。第四道上谕是训斥两江总督尹继善和高晋循私隐瞒，交部严加议处。第五道上谕是令将普福住所赀财查封。第六、第七道上谕是立即拘拿高恒的办贡人顾蓼怀，押往扬州审讯。第八道上谕是传谕两淮盐商认真办事，运盐卖盐，不得影响民间食用。
从以上八道谕旨来看，乾隆帝是想彻底查清这一特大贪案，具体要求有三条：一是查审高恒、普福、赵之璧、卢见曾等历任盐政、运使贪婪之罪；二是追查两淮总商应交银两和应赔款数；三是惩治负有稽查盐政责任的尹继善、高晋等有关地方大员。这都是十分棘手的难题。
高恒久任盐政和管理关税，贪婪详情难以查清。两淮盐商仅未缴余利银就多达600余万两，如按谕旨要求追征其冒滥支销的银子和历任盐政侵吞公款无法偿还的银子，这又是二三百万两，这样八九百万两的巨额银子，两淮盐商是无力承担和交清的，势必使其倾家荡产，无力再继续购买产区的盐向外运销。
这不仅将影响到湖北等几个省几千万人口食盐的供应，而且两淮运司年交国库几百万两的课银亦将落空，对皇上的额外收入也有重大的影响。单单是二十年中曾任两淮运司的其他盐政、运使、监掣同知、运判等盐官和总督、巡抚等监管官员，清查起来，也是十分困难。
简而言之，此案涉及人员很多，银数极大，关系到清政府的国库收入和几千万人的食盐供应，要想彻底清查，既非常困难，又没有必要，因为这样做，将直接影响国库的来源和天子今后的享受，并且大量银两也的的确确是供应皇上南巡和备办贡品而用掉的，真要追查到底，就该给万岁爷定上收受赃物挥霍民财勒索盐商的罪名了。
谁敢这样办？乾隆愿丢这个丑吗？所以，最后只能是有所清查，但不能尽惩，只能从轻从宽了结。案情的发展、变化和结局，正是这样。
在皇上几十道谕旨的指示安排督促下，经过巡抚审讯，刑部复审，大学士复议，历时四个月，到三十三年十月下旬，此案大致结束。其最后确认的案情”事实”结论是：前盐政高恒收的20余万两银子，多半都用在备办差务上，前盐政普福所用8万余两，也多用于公务，二人的罪状仅仅是”于提引应归官帑银两，恣意侵渔，数至累万”，高恒”受银三万二千两”，”普福私销银一万八千八百余两”；
原任两淮盐运使卢见曾隐匿提引银两，”私行营运寄顿”；现任盐运使赵之璧虽无染指，但在任内对库银听任普福支用，不予制止，又不据实报告；两淮盐商未交的余利银不是600余万两，而是减为396万余两，其中还有代高恒、普福、卢见曾垫为器物之银；为高恒办贡之人顾蓼怀，经手收取盐商的15万两银，系高恒令其向盐商支银置办物件，并非高恒尽行侵用，亦非商人奉令代办，而是顾某怂恿高恒，己亦牟利，以致酿成大案。
翰林院侍读学士纪昀、候补中书徐步云、军机处行走中书赵文哲、军机处行走郎中王昶”漏泄通信”，使卢见曾豫闻查抄之旨，遂将家产四处寄顿藏匿。
将这些结案的定论，与案发之时的罪情相比，显然案情是大为缩小减轻了，高恒只是收受贿银32000两而非吞没数十万两，两淮盐商只少交了余利银396万余两而不是600余万两，运使赵之璧并无染指之事，连乾隆帝钦定为”案内要犯”的办贡人顾蓼怀，也没有犯下大罪。一桩几百万两白银涉及众多人犯的巨大贪案，就这样缩小至三两万两赃银，案犯仅数人而结局，实在出人意料之外。就此而言，乾隆帝是有所妥协大为退步了。
当然，乾隆帝之所以如此了结此案，是经过深思熟虑的，决非草率、糊涂、不明真情。正因为他在查案过程中逐渐清楚地认识到前述那些危险，所以才改变了初衷。尽管在案犯多少、赃银数量等方面，乾隆帝退了一大步，但此时他毕竟还在力图整顿吏治重惩贪官，因而在惩治高恒、普福、卢见曾的问题上，坚决排除干扰，依法惩办。
他谕令抄没三人家产，将高恒、普福押赴法场斩首示众，卢见曾绞监候秋后处决。两淮盐商欠交之银限定十年内交清。高恒虽然只定了侵吞帑银32000两的罪，但其抄没入官的家财却多达数十万两，在经济惩办上也算是执法从严了。
乾隆帝将已故爱妃之亲弟弟，也就是自己的小舅子高恒处以死刑，亦非没有干扰，为高恒求情者大有人在，甚至连乾隆帝最宠信的首辅、皇后之弟、一等公傅恒，亦恳求皇上”念慧贤贵妃之情”，免高恒一死。
乾隆立即厉声拒绝说：“若皇后兄弟犯法，当如之何？”这实际上是警告傅恒，不要认为你是皇后的兄弟就可超越王法之外，只要你犯了国法，也要像对高恒那样将你斩首。傅恒听后，吓得魂不附体，”战栗失色”。这表明，乾隆帝此时的确力图整饬吏治，严惩贪官。