1916年6月7日，黎元洪宣誓就职大总统。6月5日，袁死的前一天晚上，段祺瑞即 往黎宅请他“依据约法，出任重寄，维持大局”。
6月6日，段祺瑞不顾护国军依照《临时约法》恭承黎元洪继任总统的宣言，以国务院名义通电全国，宣布奉“袁 大总统”遗命，依袁世凯1914年颁定的“新约法”第二十九条，“以副总统黎元洪代行中华民国大总统之职权”。
7日，黎就任大总统，段祺瑞代表全体阁员表 示“余等必竭力赞助总统”。但他却又态度暧昧，携教育总长张国淦前往东厂胡同黎元洪住宅以相视而坐半小时不出一言的特殊方式，履行了请黎元洪任总统的手续。
控制北京政权的重要人物。前排右三副总统冯国璋，右四大总统黎元洪，右五国务总理段祺瑞
当夜，黎元洪急派张国淦前往府学胡同段宅打听情况，段没好气地回答说：“我既然请副总统出来，这就是我的事了，他不要管，如果他怕的话，就请他来管吧！”他对请黎出任总统是很不情愿的。
13日，《申报》发表文章称颂段祺瑞说：“今日各界公电纷纷，谓大总统未能完全自由者，不仅疑帝制派人尚盘据政局中，亦有一部分人疑段之态度不甚分明，或谓为人利用也。吾谓段于前既反对帝制而退，首先拥护总统，态度无所谓不分明。”