赤眉军，中国古代著名的农民起义军之一。
赤眉军于天凤5年（公元18年）在莒（今山东莒县）起事，首领为琅琊人樊崇，以泰山山区一带为根据地，与政府军对抗。几年之间发展到数万人，其中主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事、卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。
随著赤眉军的发展，在地皇3年（22年）王莽派出其子王匡、廉丹率约十万军队进攻赤眉军，惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州、豫州各地。
23年，更始皇帝刘玄已即位并攻入长安，赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即再度开战，25年赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领，进攻关中，并拥立汉宗室刘盆子为帝，徐宣任丞相，樊崇因为识字，任御史大夫。同时更始军内部产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，杀死刘玄。
赤眉军入长安时，因常年的战乱已导致当地残破，赤眉军只能四处找寻粮食，随后被刘秀派将领冯异击败，遇大雪损失惨重，赤眉军遂决定离开关中，27年在崤底（今河南渑池县礼庄寨）再被冯异打败，樊崇投降，最后被杀。
起源
莒州起义
樊崇，琅琊灵门人（今莒之北境），出身贫寒家庭，是个朴实、勇敢的农民。他身高力大，见义勇为，好打抱不平，穷苦农民都很喜欢他，愿和他一起共事。
莒州本是有古老文化传统的地方，但也是统治阶级剥削压迫农民最残酷的地方，特别到了西汉末年，封建社会矛盾激化，不但被剥削阶级压迫得无法生活下去，连剥削阶级也不能维持他的统治了。王莽篡汉复古"改制″的失败，使严重的社会危机进一步加深。土地兼并的趋势继续发展，压在人民身上的徭役和赋税负担比以前更加沉重。同时统治阶级滥用刑罚，使百姓陷入水深火热之中。樊崇在家乡活不下去，就到莒州雇给人家扎活，想以此摆脱饥饿。
但王莽新朝的官吏在莒州更加残酷地向农民勒粮逼税。扎活的樊崇为了活下去，就伙同一起的穷人和一些年轻力壮的农民，于公元18年（新莽天凤五年），在莒州起义。这是继海曲（日照）吕母起义之后，又一次在莒州举起了义旗。
号称赤眉
琅笽郡人樊崇起兵于莒，有众百余人，转战到太山，自号三老。这时青、徐二州闹大饥荒，盗贼蜂起，强盗们认为樊崇勇猛，都归附于他，一年之间扩大到万余人。樊崇同郡人逄安，东海郡人徐宣、谢禄杨音，也各起兵，合起来达数万人，都引兵归樊崇。一起回攻莒县，攻不下，转掠到姑幕县，因而击王莽探汤侯田况，大胜，杀万余人，于是北入青州，所过之地都进行虏掠。回到太山，驻扎南城县，起初，樊崇等因穷困而为盗寇，没有攻城略地的打算。后来队伍渐渐扩大，就互相约定：杀人者处死，伤人者偿创伤。以言辞为约束，没有文书、旌旗、编制、号令。其中职位最高的号为三老，其次为从事，再次为卒吏，一般的泛称为“巨人”。王莽遣平均公廉丹、太师王匡发动进攻。樊崇等准备迎战，但耽心自己部下与王莽兵混淆不清，于是令自己部下都把眉毛涂红以相识别，从此号称赤眉。
纪律严明
赤眉军纪律严明。史书上称“乃相与为约：杀人者死，伤人者偿创”。“其中最尊者号三老，次从事，次卒吏”，相互间称“巨人”。赤眉军以泰山作根据地，在青、徐二州间来回打击官府，抢粮救灾。各地均有富翁，存粮如山。周围百姓，因连年干旱和蝗虫灾害，草根树皮都吃不上，饥饿的人民四处流离，死者无数。樊崇看到面黄肌瘦的老百姓和沿途饿死的民众，伤心流泪，他下令起义军：所到之处打击贪官污吏，抢粮救灾。当地刺吏、郡守不能治，逃之夭夭。
发展壮大
公元21年（地皇二年），王莽派大将景尚率领一队官兵来剿樊崇领导的起义大军。赤眉军和官军大战一年多，打了大胜仗，把景尚杀死。王莽大怒，又派遣太师王匡、更始将军廉丹率十万大军赶来镇压赤眉军。赤眉军作战勇敢，又深得百姓拥护，在成昌（今山东东平县）大战一场，樊崇一枪刺中了王匡的大腿，王匡慌忙夺路逃命，廉丹被赤眉军首领之一董宪杀死，官军溃败。经过这场大战，赤眉军更加壮大了，发展成十多万人的武装。