日本列岛的史前文明中，绳文人（Jomon people）始终是一个充满争议的群体。他们因制作绳纹陶器得名，活跃于公元前1.6万年至公元前300年，是日本列岛最早被考古学证实的定居人群。然而，关于“绳文人是否为日本原住民”的争论，跨越了考古学、遗传学、人类学与历史学领域，至今未有定论。
一、考古学视角：绳文人的“原住民”标签
绳文人的存在，最早由日本考古学家在19世纪末通过绳纹陶器发现确认。这类陶器以复杂的绳纹装饰为特征，分布于北海道至冲绳的广泛区域，表明绳文人已形成稳定的定居文化。考古证据显示，绳文人以狩猎、采集与深海捕捞为生，掌握了弓箭制作、独木舟航行与网捕技术，甚至可能培育了早期作物（如日本学者推测的野生粟类驯化）。这些特征使其被视为“日本列岛的原住民”具有合理性。
然而，考古学也揭示了绳文人的复杂性。例如，绳文时代可分为早期、中期、晚期与末期，各阶段文化差异显著：中期出现华丽的火焰陶器与土偶祭祀，晚期则流行深钵形陶器与贝冢。这种文化演变暗示绳文人可能由多波移民融合而成，而非单一“原住民”群体。此外，绳文人面部特征（如深眼窝、宽扁鼻）与现代日本人差异较大，更接近北亚通古斯人种或旧石器时代欧洲克罗马农人，进一步动摇了“原住民”的单一性假设。
二、基因证据：混血与迁移的双重叙事
基因研究为绳文人身份提供了关键线索。2018年，日本国立科学博物馆对北海道绳文人遗骸进行全基因组测序，发现其基因混合了东南亚平文化人群与通古斯人血统，父系单倍群以C1a1（通古斯语族特征）与D1a2（北亚与日本特有）为主，母系则包含北亚D系与本地C系。这一结果支持绳文人由多波移民融合而成的假说：约3.8万年前，第一批移民从亚洲大陆经库页岛、北海道迁入日本；随后，东南亚平文化人群与通古斯人陆续抵达，形成基因多样性。
现代日本人的基因构成进一步揭示了混血历史。研究显示，本州和族继承约10%绳文人常染色体，阿伊努人（北海道原住民）继承70%，琉球人继承30%，而剩余基因主要来自弥生人（公元前3世纪至公元3世纪从东亚大陆迁入的农耕群体）。这种比例差异表明，绳文人与弥生人的融合并非均匀分布，而是存在地域与族群差异。例如，阿伊努人因长期隔离，保留了更多绳文基因；而本州和族因弥生人大量迁入，绳文基因比例较低。
三、文化融合：从“原住民”到“日本民族”的转型
绳文人与弥生人的互动，是日本民族形成的关键。弥生人带来稻作农业、铁器与新信仰（如稻田神），彻底改变了日本社会的经济基础与文化结构。考古证据显示，弥生时代早期，绳文文化与弥生文化并存：绳文人继续使用绳纹陶器，而弥生人则推广红褐色硬陶；绳文人信仰自然灵，弥生人则崇拜农业神灵。这种并存逐渐演变为融合，例如绳文土偶与弥生稻作神灵的结合，形成日本神道教的雏形。
语言与族群认同的演变也支持这一观点。阿伊努人因保留绳文语言（多式综合语）与文化，被视为绳文人直接后裔；而本州和族则因融合弥生人语言（可能属阿尔泰语系或南岛语系）与文化，形成现代日语的基础。这种语言与文化的双重融合，标志着日本民族从“原住民”向“多元一体”的转型。