明朝京师顺天府被李自成率领的大顺军攻陷后，明朝宗室先后在南方成立朝廷，沿用“大明”国号。但由于清朝入关之初宣称“天下取自于贼，而非明”。立足未稳之时便着急诏修《明史》，以此宣告明朝已亡，不再承认南明朝廷的合法性。
所以清朝官方即在南明君臣称呼上加“伪”加以区别“前明”；比如：“伪永历”、“伪晋王”，称呼加“伪”是对南明朝廷的蔑称。辛亥革命以后官方开始把这段历史改称为“南明”或“后明”。
南明1644年—1683年）是明朝京师顺天府失陷后，由明朝宗室在南方建立的若干政权，历经四帝一监国。
南明隆武帝
隆武帝朱聿键是明太祖朱元璋的九世孙，出自太祖皇帝第二十三子唐王朱桎一脉，与崇祯帝关系比较疏远，崇祯帝是朱元璋的十三世孙，算起来隆武帝比崇祯帝大了好几个辈分。
1645年弘光帝被清军俘获后黄道周、郑芝龙等人在福建拥立朱聿键为帝，改元隆武。隆武帝是南明比较有作为的皇帝，曾经联络各地义军，屡次提议北伐清朝，然而受到鲁王政权的排挤，加上郑芝龙掌握着大权，最终无所成就。隆武二年清军进入福建，隆武帝在汀州被俘，落得个绝食身亡的下场。
南明绍武帝
朱聿鍥绍武帝朱聿鍥是隆武帝的弟弟，同样是朱元璋的九世孙，与崇祯帝关系疏远。隆武帝在1646年8月被俘后，朱聿鍥逃往广州，11月苏观生、顾元镜、林察等人拥立他登基称帝。由于登基仓促，连龙袍和百官的官服都得借粤剧伶人的戏服，兵力也不强盛，可以说这个政权是实力最弱的。
绍武帝在位仅仅30天清军就兵临城下，但是朱聿鍥的主力部队都调去与桂王内斗了，根本无力阻挡清军，后来被清军搜捕关押于东察院，当晚绝食并自缢而死。这气节与崇祯帝也颇为相似。
南明监国
鲁王朱以海出自明太祖朱元第十子鲁王朱檀一脉，也比崇祯帝大几个辈分。弘光帝被俘后张国维、张煌言、钱肃乐等人在绍兴拥立他为监国，鲁王政权与在福建的隆武政权相互排挤，并不一致对外。
隆武二年清军攻占浙东，鲁王流亡海外。永历五年入据舟山，永历七年清军攻陷舟山，于是鲁王在张名振和张煌言的陪同下取消了监国的名义，赴厦门投靠了郑成功。但是郑成功不满朱以海之前大敌当前还与隆武帝相互争斗，于是在朱以海想要重返南澳岛发展力量时将他沉杀于海中，也有说鲁王是病死的。
南明永历帝
永历帝朱由榔是桂端王朱常瀛之子，朱常洵与崇祯帝之父朱常洛是亲兄弟，所以永历帝与崇祯帝是堂兄弟的关系。隆武二年朱由榔袭封桂王的爵位，在广东肇庆称监国，隆武政权败亡后登基称帝，次年改元永历，永历帝也是南明最后一位皇帝。
朱由榔依靠着大西残部李定国、孙可望等人在西南一带顽抗的抵挡着清朝，虽然抵御时间较长，但是也阻止不了历史前进的脚步。
永历十五年清军攻入云南，朱由榔逃到缅甸被缅国王收留，但是后来吴三桂攻入了缅甸逼迫缅王交出永历帝，当时的缅甸国王哇达姆摩刚刚弑兄自立，国内政权不稳，根本无法与吴三桂和大清作对，只能答应交出永历帝。永历帝在位十六年，是最后一位汉人正统皇帝。
永历帝死后台湾还在郑氏的手中，且台湾一直奉明朝为正朔，沿用永历的年号。
明郑时期郑成功在台湾建立政权后将台湾改称为东都，其子郑经继位后改东都为东宁，对内仍然奉南明永历帝为正朔，并且开始有了建国长治的想法，自称“东宁建国，别立乾坤”。西方称此时的台湾为东宁国，清朝史料中称此时的台湾为东宁省。
但虽然台湾表面上奉明朝为正朔，实际上永历帝死后再也没有拥立明朝宗室为帝或者监国，台湾实际上就是以郑氏集团为首的独立行政机构。
康熙二十一年清朝认为收复台湾的时机成熟了，于是派施琅率军两万，战船200余艘从福建漳州出发，向澎湖和台湾进军，郑军不敌，延平王郑克境只得率众人归顺清朝，至此南明所有政权全部消亡。