徐世昌下野后，曹锟并没有立即当上总统，而是于1922年6月11日，把早已经下野的黎元洪拉出来复位，这样做一来可以使南方护国政府名不正言不顺，而来可以使总统和国会都成为直系的傀儡，这样一来，就可以像之前的皖系那样，控制总统了。
扶持黎元洪复位是吴佩孚提出的，理由是让黎元洪补足五年总统任期，等到黎元洪期满下台后，曹锟就可以名正言顺的担任大总统了（国会都是直系的人）。但曹锟已经等不及了，以各种手段逼迫黎元洪交出总统印信。
1923年6月13日，黎元洪被直系将领王承斌软禁在车站，被迫交出总统印信。之后他将这件事情通电全国，并且否认总统职权已被解除的说法，但他到底没有兵权，说话不够硬气，怎么折腾也不管什么用。与此同时，曹锟已经组织选举了，并且在选举中“大获全胜”。
虽然黎元洪说话没什么分量了，但他被逼迫下台的消息，大可以被奉系、皖系以及护国军政府做文章，比如当时梁启超就曾通电指责曹锟，其他各地军阀也纷纷指责曹锟不讲道义。就这样在直系与各路军阀的周旋下，直到1923年10月10日曹锟才到北京正式就职。
由于曹锟这总统来的不干净，他饱受社会各界的质疑，最令他焦头烂额的是，这总统当的一点都不称心。别说统一全国了，他连统一直系都没有做到。在直系中，吴佩孚居功自傲，一直想将曹锟取而代之。在直系之外，还有护国军政府在时刻准备着北伐。
1924年9月初江浙战争爆发，5日孙中山下令护国军讨伐曹锟、吴佩孚（此时孙中山又已经掌握护国军政府）。15日奉系又对直系发起挑战书，第二次直奉战争拉开序幕。在10月22日晚，早已对曹锟和吴佩孚不满的冯玉祥悄悄回到北京，发动了“北京政变”，曹锟被迫交出总统印信，之后被冯玉祥囚禁。
尽管曹锟被囚禁，但明面上还是总统，直到11月2日才向国会提交辞职咨文。然而非常讽刺的是，前来逼他辞职的人，就是去年逼迫黎元洪交出印信，捧他上台的王承斌。1926年春天，冯玉祥被张作霖打出北京，曹锟又恢复了自由。
张作霖委托张学良来告知曹锟，说一定拥他复位，这让曹锟满心欢喜，没过几天他就通电各省说冯玉祥已经撤出北京，意思是希望各地拥护他复位，结果没有得到任何一方的回应，前几天说拥护他的奉系也不说话了。
之后曹锟又去找吴佩孚，结果连吴佩孚都不支持他复位，自此他才死心，于是在1926年5月1日，通电发表补行辞职宣言，声称“因病辞职”。而总统的职权则一直由段祺瑞执行（从1924年曹锟被囚禁后不久开始）。
1926年7月1日，广东国民政府发布《北伐宣言》，蒋介石总司令下达“北伐动员令”，一周后北伐军出征，一路上势如破竹，北洋军阀吴佩孚、孙传芳部40万众节节败退。直到1928年12月29日张学良通电“东北易帜”，从此北洋军阀统治的日子正式落幕了。