云龙书院始建于清康熙六十年（公元1721年），雍正十三年（1735年）徐州知府李根云改建为云龙书院。
著名词人、探花冯煦当过院长，进士王钦霖、刘庠当过教师，其学生韩志正曾当选为孙中山大总统时的中华民国国会议员。辛亥革命后，书院为战争所破坏，夷为废墟，前后共存182年。1996年园林部门依史料记载，恢复了白鹿洞、望湖亭、可廊等古建筑，部分再现了云龙书院昔日的风采。
2014年，云龙书院重建工程完工。重建的云龙书院位于云龙山西麓半山坡上，在原址重建，由北向南共有七进院落。中轴线依次建有门头、大门、二门、穿堂、讲堂、文昌阁、宜福堂，均为中国古代重檐式建筑，饰以深红色琉璃檐瓦。中轴线两侧还建有三官庙、四贤祠等辅房。
整个云龙书院建筑结构为砖木，以充分保持清代建筑风貌，同时增设展示厅和汉学讲堂，使云龙书院既是一个具有历史底蕴的旅游景点，又是一个弘扬传统文化的教学场所。
史料记载
《徐州府志》记载徐州“有云龙书院、彭东书院、彭西书院、养正书院、吕梁书院、境山书院、河清书院。”其中规模最大、成就最高的云龙书院，对徐州地区文化教育、学术思想的发展产生过巨大影响。云龙书院始建于清康熙六十年，最初为清初宫式建筑，内有讲堂、四贤祠、文昌阁、宜福堂、紫翠轩、白鹿洞、望湖亭等建筑，几经起落，最后为战争所破坏，终为废墟。
历史贡献
虽然云龙书院仅存182年，却留下了经年的芬芳，形成了“以诗书为堂奥，以性命为丕基，以礼义为门路，以道德为藩篱”的书院精神，培养出一大批人才，为提高地方教学水平、培养人才作出了较大贡献。单就清末而言，就培养出徐树铮、张伯英、张芸生、韩志正、祁世倬等有名举人，这些人在学术、教育改革、民主革命等方面作出了可喜的贡献。