清朝初年，将降将有功者分封在一些南方省份，用来对付西南的南明残余势力，和对抗台湾的明郑政权，即：平西王吴三桂，世代镇守云南，兼辖贵州；平南王尚可喜，世代镇守广东；靖南王耿精忠，世代镇守福建。上述三方势力合称“三藩”。
三藩在所镇守的省份权力甚大，可以辖制、影响当地地方官员，并可掌控自己的军队、掌握地方税赋等。
耿仲明
先世山东人，徙辽东盖州卫。明登州参将，与李九成、孔有德同为毛文龙旧部。毛文龙死后隶属登莱巡抚孙元化麾下，孙元化将李、孔、耿所部编练为登州新军，恩遇有加。崇祯四年（1631）八月，祖大寿受困大凌河城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨雪，部队给养不足，吴桥县拒绝为孔部提供给养，有一士兵强取士绅王象春家仆一鸡，孔有德畏惧王家势力，下令将该士兵“穿箭游营”，众士兵群情激奋，击杀该家仆。
李九成因将孙元化交给他的公款赌博挥霍，无法交差，遂煽动孔有德发动叛乱。耿仲明打开登州城门迎接叛军，出卖了孙元化。崇祯六年（1633），叛乱失败，李九成被击毙，耿仲明与孔有德一道叛投后金。崇德元年(1636)，清封耿仲明为怀顺王，顺治六年(1649)，改封靖南王，偕尚可喜进军广东，于途中因窝藏逃人畏罪自杀。其子继茂袭封，后移镇福建。康熙十年(1671)，继茂卒，其子耿精忠袭封。
尚可喜
先世洪洞人，迁衡水，后徙辽东海州。明广鹿岛副将。孔有德、耿仲明叛投后金后，引清军攻破旅顺，尚可喜全家殉国。后尚可喜因受上司排挤叛投后金。崇德元年，清封尚可喜为智顺王，顺治六年，改封平南王，率所部随大军下广东，遂留镇广东。
吴三桂
江苏高邮人，籍辽东山海卫。其父吴襄为崇祯时锦州总兵，三桂以武举随征，因战功及父荫，官都指挥。后吴襄坐失战机下狱，擢三桂为总兵，守宁远。崇祯十七年(1644)三月初李自成军破大同、真定，京师戒严。明崇祯帝封吴三桂为平西伯，飞檄率所部入卫京师，并起用吴襄提督京营。
三桂令步骑先入关，亲率精锐殿后。十六日抵山海关，二十日到丰润，闻京师已陷，入卫兵皆溃，三桂引兵还顿山海关。李自成派降将唐通携银四万两犒三桂军，并胁吴襄作书招降。三桂率兵西至滦州，闻其爱妾陈圆圆为李自成军部将刘宗敏掠去，即回师山海关，秘密遣使上书睿亲王多尔衮，请清军入关讨李自成。
多尔衮得书即日急进，至山海关外十里，吴三桂出关迎降，即在军中剃发盟誓，其兵以白布系肩，前驱入关。四月二十二日，吴三桂与清英王阿济格、豫王多铎大败李自成军于山海关(见山海关之战)。是日清封吴三桂为平西王，令其为前驱追击李自成。吴三桂随阿济格败李自成于庆都。后又自长城外进绥德、延安，攻西安。李自成出武关南走，三桂督兵追击，自襄阳下武昌，进至九江，清廷召还，命往锦州镇守。
顺治五年移镇汉中。八年，清廷命吴三桂督李国翰征四川。九年，吴三桂分兵攻下成都、嘉定、叙州、重庆，遭明军刘文秀部反击，损失惨重，但于保宁反败为胜。十四年清廷命吴三桂为平西大将军进征贵州。十五年，下遵义，随后参加了与李定国对决的炎遮河之战。十六年，清军会攻云南省城，南明永历帝奔永昌，复奔缅甸。吴三桂在追击过程中在磨盘山遭到李定国、窦名望等人的伏击。
清廷命吴三桂镇守云南，并谕吏、兵二部，凡云南文武官举黜及兵民一切事，命吴三桂暂行总管，俟数年后，仍照旧例。十八年，清军入缅，缅甸王执永历帝献清军。康熙元年，吴三桂杀南明永历帝朱由榔于昆明。清廷晋封吴三桂为亲王，并命贵州省亦属管辖。吴三桂遂久镇云贵。