葛尔丹之后，由其侄子策妄阿拉布坦成为了新任大汉。他一改对清朝的敌视政策，转而向康熙臣服，清准双方得以暂时休战。为了巩固自己伊犁河流域的基本盘，策妄决定西征哈萨克汗国。1699年，被击败的哈萨克汗国，分裂为大玉兹、中玉兹和小玉兹三部，他们先后臣服于准噶尔。
与此同时，被清政府阻拦，无法在黑龙江流域实现扩张的沙俄将目光移向中亚的额尔齐斯河流域。1709年，俄国殖民者沿着鄂毕河南下，在毕雅河与哈屯河一带筑造了比斯克要塞，这等于是侵犯了准噶尔人的牧场。
为了阻止俄国人，策妄阿拉布坦先是派兵袭击了巴拉巴和库兹涅茨克等地，然后派出税务官，依旧向当地居民征收实物税。
这一举动引发了俄国侵略者的不满，1713年6月，俄国使者面见策妄阿拉布坦，无理地要求他惩处“侵略” 的准噶尔人。
对此，策妄阿拉布坦在1714年写给沙皇彼得一世和西伯利亚总督加加林的信中强调，你们建立的城市都建筑在准噶尔人的土地上，侵略者是你们。赶快把托米斯克、克拉斯诺雅尔斯克、库兹涅茨克这些城堡拆除，否则我们将武力攻占之。
但是，傲慢的沙皇对他的充耳不闻，派出布赫格利茨中校取道额尔齐斯河，到天山南路的莎车地区寻找金矿，命他一路上修筑要塞，将准噶尔汗国的北部土地化为俄国殖民地。
1715年，布赫格利茨奉命行事，统领由两个步兵团、700多名骑兵，以及炮兵和工匠们组成的侵略军，潜入额尔齐斯河流域，在亚梅什湖地区构筑起军事要塞。
策妄阿拉布坦得知，派出万余士兵进攻。这次征讨，准噶尔人俘获俄军数百，布赫格利茨下令炸毁要塞，匆忙乘船北逃。准噶尔人乘胜追击，次年将俄国人逐出叶尼塞河上游的雅米谢威斯克。
1720年，策妄阿拉布坦之子噶尔丹策零力敌沙俄，迫使沙俄与准噶尔划界而治，此做法与清政府在东北抗击沙俄的成功颇有相似之处。
但沙俄并没有死心。1717年，沙俄在鄂木斯克与亚梅什湖之间修建了热列金斯克要塞。第二年，他们趁着策妄远征西藏的机会，修建了塞米巴拉金斯克要塞。
1720年5月，俄国人利哈列夫潜入准噶尔境内，在额尔齐斯河中上游地区修筑了乌斯季卡缅诺哥尔斯克要塞。当时，噶尔汗国在与清朝的战争中损失惨重，但策妄阿拉布坦还是派出自己的儿子噶尔丹策零与俄国人开战。
俄国人数量虽少，但因为有先进的火力，还是让准噶尔人连连吃亏。、但在2万大军的围攻下，俄国人还是后撤了。当然，俄国人并非一无所获，战后，乌斯季卡缅诺哥尔斯克要塞成为了新的俄准边界，俄国等于占据此塞以北的土地。
次年，策妄阿拉布坦为了避免两线作战，决定与沙俄讲和，进而共同对付清军。他的条件是允许俄国人过境开矿，重新划分两国在额尔齐斯河流域的疆界。但俄方的条件却让他无法接受：想得到他们的火器，准噶尔汗要宣誓自己成为俄国的臣民，允许他们自由出入其土地。
面对这样苛刻的条件，策妄阿拉布坦断然选择了拒绝，他重申了准噶尔汗国对额尔齐斯河流域的领有权，表示准噶尔人绝不臣服，俄国的如意算盘落空了。
说完策妄阿拉布坦时代准噶尔与沙俄的矛盾冲突，让我们回过头来看看准噶尔与清廷的关系。起初，双方的关系虽然谈不上和睦，但也不像葛尔丹时期那剑拔弩张。
随着策妄阿拉布坦统治地位的稳固，准噶尔国力的恢复，双方的关系再次恶化。他先是在1715年(康熙五十四年)派兵袭击了哈密北境五寨，又在两年后密谋反对西藏实际的掌权者---桑结嘉措。
桑结嘉措曾是噶尔丹坚定的支持者。五世达赖喇嘛圆寂后，他选择秘不发丧，以五世的名义统治了雪域高原，实在瞒不住才指定仓央嘉措继任六世达赖。桑结嘉措被和硕特汗王拉藏汗毒死后，拉藏汗另立的六世达赖，这引发僧俗信众的不满。
1717年6月，策妄阿拉布坦以护教为名，派大将策凌敦多布从南疆和田入藏。到了12月，准军攻占拉萨，杀死了拉藏汗。
康熙当然不会坐视准噶尔人占据西藏。1718年，清兵自四川进入西藏，不久即被策零顿多布击败。
两年后，清廷再度出兵，这次统领各军的是康熙的十四皇子胤禵。当年10月，准军败退，清廷将西藏纳入版图，继元朝之后，西藏再次纳入中华版图。
获胜的清军乘胜追击，一度占领了今天的乌鲁木齐。但因为康熙的去世，清军不得不撤回。
1723年，雍正继位。策妄阿拉布坦怂恿青海罗卜藏丹津发动叛乱，不久即被清军平定，罗卜藏丹津逃亡准噶尔。鉴于国家的财力不充裕，雍正决定同策妄阿拉布坦议和。1725年，双方重新划分了边界，重开边境贸易。但准噶尔问题依然是雍正心中的是国家隐忧。
1727年(雍正五年)，策妄阿拉布坦去世，其子噶尔丹策零继位。雍正认为这是一个解决边患的好机会，于是利用两年时间准备兵马器械然后“相机声罪致讨，必灭此而后朝食”。
1729年3月，雍正下诏征讨准噶尔：靖边大将军傅尔丹屯兵阿尔泰山，为北路军;川陕总督岳钟琪为宁远大将军为西路军。
噶尔丹策零使用缓兵之计，突袭了岳钟琪部。接着故技重施，引诱驻军科布多的傅尔丹来到额尔齐斯河源附近的和通泊。在这里，清军几乎全军覆没，“副将军巴赛、查纳弼以下皆战死”。
1732年，准军进犯喀尔喀蒙古。喀尔喀亲王丹津多尔济与和硕亲王策凌誓死抵抗，在鄂尔浑河畔的“额尔德尼昭”(光显寺)一带，他们大败准噶尔军，杀死一万多人“尸满山谷，河水数十里皆赤”。
噶尔丹策零元气大伤，被迫遣使求和。1733年，清廷因西北连年用兵，导致国库空虚，不得不宣布暂停进兵。
1734，双方开始和谈。次年，雍正去世，谈判仍然没有结果。直到1739年(乾隆四年)，双方才议定南以博尔济、昂吉勒图、乌克克岭为界;北以孙多尔库奎、多尔辉库奎、至哈尔奇喇、博木哈喇为界。清准定期于肃州互市。
至此，清廷与准噶尔再次实现了休战。