黄巾军就是一只将黄布裹在头上的军队，百姓称他们为神兵天将。到处流传着‘苍天已死，黄天当立。岁在甲子，天下大吉’的口号和标语。
领袖为张角自称“天公将军”，弟张宝称“地公将军”，张梁称“人公将军”。将领共有三十六方渠帅，张牛角，褚飞燕（张燕）以及黄龙、左校、于氐根、张白骑、刘石、左髭、丈八、平汉、大洪、司隶、缘城、罗市、雷公、浮云、白雀、杨凤、于毒、五鹿、李大目、白绕、眭固、苦蝤、张曼成、波才等部，率领着各个山头的黄巾军数十万..
张角：黄巾军领袖，太平道教主，自称“大贤良师”，于汉灵帝时期于各地传道，经十余年发展拥有教徒数十万。起兵后自称“天公将军”，后为卢植所败，困守广宗，数月后病卒于城内。
张宝：黄巾军领袖，张角之弟，自称“大医”，起兵后自称“地公将军”，率军据守下曲阳县城，城破被诛。
张梁：黄巾军领袖，张角之弟，自称“大医”，起兵后自称“人公将军”，随张角同守广宗城，城破被诛。
马元义：太平道渠帅，起事前往返雒阳，联络中常侍封谞、徐奉为内应。后案发被捕，车裂而死。
张曼成：荆州南阳郡黄巾军渠帅，自称“神上使”。攻杀南阳太守褚贡，率数万人屯兵宛城，后为新任南阳太守秦颉剿灭。
波才：豫州颍川郡黄巾军渠帅，曾率军击败朱儁，后为皇甫嵩所破，波才退守阳翟，城破被诛，颍川黄巾灭。
彭脱：豫州汝南郡黄巾军渠帅，汝南太守赵谦初为黄巾所败，后皇甫嵩、朱儁破彭脱于西华县，汝南黄巾灭。
卜巳、张伯、梁仲宁：兖州黄巾军渠帅，皇甫嵩率军于仓亭击败黄巾军，护军司马傅燮生擒卜巳、张伯、梁仲宁三人。
赵弘：荆州南阳郡黄巾渠帅，率军据守宛城，后为朱俊攻破外城而斩杀。
韩忠：荆州南阳郡黄巾渠帅，于赵弘死后困守内城，投降而不得，为朱俊设计诱出并生擒，后为南阳太守秦颉所杀。
孙夏：荆州南阳郡黄巾渠帅，韩忠投降后为秦颉所杀，南阳黄巾余部心不自安，又拥孙夏为渠帅，据守宛城。后城破突围，朱俊率军追至西鄂县精山，南阳黄巾遂平。
唐周：太平道教徒，张角弟子，于起事前夕向东汉政府告密，揭发太平道密谋起兵反汉，致使渠帅马元义等人被捕。《后汉纪》作“（兖州）济阴人唐客”。
王度：原为兖州东郡东阿县丞，趁乱加入黄巾军，后为程昱所败。
张牛角：黑山黄巾军首领，随黄巾起事，自称将军，与褚飞燕合兵一处并被为首领，攻打瘿陶时中射身亡，临死前命部下推举褚飞燕为首领，褚飞燕因此改姓为张。
张燕：黑山黄巾军首领，本姓褚，号为飞燕。随黄巾起事，聚众万余人，与张牛角合军，牛角死后改姓张。随后张燕与常山、赵郡、中山、上党、河内等地叛匪互相联络，队伍规模逐渐壮大至百万，号称黑山军。朝廷无力剿灭，任命张燕为平难中郎将，天下讨伐董卓时张燕亦率军会盟。
袁绍与公孙瓒争夺冀州时，张燕派兵协助，为袁绍击败。袁绍后剿灭境内黑山军，并联合吕布与张燕主力在常山激战，双方互有胜负。袁绍攻打公孙瓒，张燕与公孙续率军救援，最终公孙瓒兵败，公孙续被杀。官渡之战时张燕率军投降曹操，拜为平北将军，封安国亭侯，死后其子张方袭爵。
孙轻、王当：黑山黄巾军将领，张燕聚众起事后，率众响应张燕。
杜长：黑山黄巾军将领，袁绍与公孙瓒争夺冀州时，张燕遣杜长率军援助公孙瓒，被袁绍击败。
于毒：黑山黄巾军首领，与白绕、眭固攻略魏郡、东郡等地，为曹操击退。次年又趁曹操出兵顿丘，再次进犯东郡东武阳，为曹操以围魏救赵之策迫退。后随张燕破邺城，杀太守栗成。袁绍引军入朝歌讨伐于毒，大破并斩杀于毒及冀州牧壶寿。
白绕：黑山黄巾军首领，攻打东郡，东郡太守王肱不能取胜，袁绍遣曹操增援，曹操于濮阳击破白饶。
眭固：黑山黄巾军首领，与于毒等攻略魏郡、东郡等地，为曹操击败而投奔张杨。曹操攻吕布时张杨欲率军营救，被其部下杨丑杀害，而杨丑又为眭固所杀。眭固率张杨部下屯军射犬，欲投奔袁绍。曹操遣史涣、曹仁讨伐，眭固于犬城被史涣斩杀，余众投降，曹操因此吞并河内。
陶升：黑山黄巾军将领，原为内黄小吏，闻魏郡兵变而起事，自称平汉将军。于毒等攻陷邺城时，独自率部众反叛，闭守州门，并车载袁绍家眷送至斥丘，袁绍以陶升为建义中郎将。
张白骑：黑山黄巾军首领，于弘农起兵叛乱，为马腾遣庞德所破。杜畿为河东太守时，张白骑也曾率军攻打东垣。真名疑是张晟。
郭太：白波黄巾军首领，起兵于并州西河郡白波谷，聚众十余万人攻打太原、河东，汉廷不能讨灭。后为赵谦、李傕所破，郭泰逃入黑山，最终为袁绍所败。《英雄记》又作“郭大贤”。
杨奉：白波黄巾军首领，与郭泰起兵于白波谷，白波军败后归降李傕。后背叛李傕，参与东归事，受封车骑将军。曹操将刘协迁都许县，杨奉与韩暹反叛，为曹操所败而投奔袁术。后又叛袁术投奔刘备，为刘备诈杀。疑为“杨凤”。
韩暹：白波黄巾军将领，刘协东归时，杨奉引为援军参与东归事，受封大将军、领司隶校尉，曹操将刘协迁都许县，韩暹投奔杨奉。杨奉死后欲北归并州，被杼秋地方将领张宣截杀。
胡才、李乐：白波黄巾军将领，刘协东归时，杨奉引为援军，后放弃参与东归事，胡才为仇家所杀，李乐病死。
马相、赵祗：益州黄巾军渠帅，起兵于益州绵竹，先后攻破广汉、蜀郡、犍为、巴郡等地，杀害政府官员。后马相自称天子，不久为贾龙所败。
王饶、赵播：益州黄巾军渠帅，与马相等人一起起兵，率军攻克广汉郡雒县，杀益州刺史郤俭。
张饶：青州黄巾军渠帅，公孙瓒击败青州黄巾军后，率众二十万从冀州返回，击败北海相孔融。《后汉纪》作““张余”。
管亥：青州黄巾军渠帅，率军侵略北海，围孔融于都昌。孔融遣太史慈前往平原求援，刘备率军击退管亥。
管承：青州黄巾军渠帅，割据北海淳于一带，聚众三千余家，后为乐进、李典所破，逃往海岛。曹操从何夔计，遣郡丞黄珍往，为陈成败，管承等于是请降。
吴霸：豫州汝南郡黄巾军渠帅，后为李通率军生擒。
刘辟：豫州汝南郡黄巾军渠帅，黄巾之乱后先后归附袁术、孙坚，后投降曹操。官渡之战时于汝南反叛，响应袁绍，袁绍遣刘备相助攻掠许下，后为曹仁所破。
何仪、黄邵、何曼：豫州颍川郡黄巾军渠帅，黄巾之乱后先后归附袁术、孙坚，后为曹操率军讨伐，黄邵夜袭曹营，反为于禁所杀，何仪、何曼投降。
陈败、万秉：扬州吴郡黄巾军渠帅，后为朱治率军讨伐而剿灭。
吴桓：扬州会稽郡黄巾军渠帅，后与会稽郡吏留赞交战，为留赞阵斩。
徐和、司马俱：青州济南、乐安郡黄巾军渠帅，曾起兵作乱，攻杀济南王刘赟，后为曹操遣夏侯渊讨平。