历史上的黄巾军起义是发生在东汉末年的那个民不聊生，官吏贪污腐败，朝廷政治黑暗的年代。起义的领导人张角、张宝和张梁三兄弟经过了十几年的准备，虽然起义过程只有短短的九个月，但是它所带来的影响力是巨大的，是东汉史上任何一个战争都无法比拟的。然而起义到后来军队烧杀抢掠，与其早先的宗旨已经相违背，所以有人说其到后来就是纯粹的民间造反，是匪盗的杀戮，才会对他们有“黄巾贼”的称呼。
事实上，凡事都有两面性，黄巾起义也不例外。从它对当时无辜百姓们，或者那些原本置身事外的富豪、士家的掠杀来说，后期的黄巾军的确成了一帮盗匪之徒。
因为组成这些军队的原本就是些普通的穷苦农民，当他们面临着金银财宝时，就会被眼前的利益所迷惑，显露出军队纪律涣散的弊病来，因而出现了无差别的攻击。判定一个人是好是坏，最基本也是最简单的标准，就是他是不是杀人了，你无端杀人或者为了钱财为了一己私利杀人就是坏人，这么看来黄巾起义真的就成了一帮匪徒们的造反，是对社会的大害虫。
黄巾军起义之处高喊口号，有点类似“替天行道”的感觉，但是张角的起义军在起义后不久就开始烧杀抢掠，屠杀同样是农民的百姓们。他们所宣扬的天下太平就在他们的刀下成了无耻的谎言，他们的失败也将是必然的。
不过当视野上升到一定的高度后，再看黄巾起义，那它就成了促进社会前进，帮组更为广大的百姓摆脱腐朽黑暗政治的一大功臣了。虽然昙花一现的黄巾军起义失败了，但是他对后世的影响是巨大的。
首先，汉室朝廷惊讶于早期黄巾军的攻势之猛烈，所以一时间下放了很多军权到地方，为了快速平叛战事。虽然这样能够阻止黄巾军的蔓延和东汉的灭亡，但是这却导致了地方的军事实力做大，结果就是地方超过了中央，这就会再现西汉时期的地方队中央发难的情况。
事实上，那些存在野心的将领官员们就借着强大的兵力割据地方，进而同周边的势力进行混战。这就成了比黄巾军起义时更大的混乱，也为后来三国局面的形成奠定了基础。
还有就是这次的黄巾军起义是中国历史上第三次农民起义，它有别于前两次秦末的陈胜吴广起义和西汉末年的农民起义。这次起义拥有周密的计划，经过了长期的准备，而且目标也很明确，起义过程中也有自己的口号凝聚士气。这表明这时候的农民起义更加缜密，对地主阶级的攻势也更大了。
但是因为没有长远的战略目光，起义的时候各地军队各自为战缺乏配合，选择自己的弱项攻城战来与政府军消耗，这些都导致了它最后的的失败。所以这些教训也为后世的几次农民起义所吸取，故而李自成和太平天国的起义对当时的政府造成的压力是极大的。