《南山集》案发生在康熙五十年（1711年），此案件又称为戴名世狱。戴名世，子田有，号褐夫，安徽桐城人。在清军入关后，明朝参与力量曾转入西南地区继续抵抗，因而称为南明，时戴名世在编纂明史，所以经常在各地搜集明朝史料，但由于清已代明，且文字狱盛行，所以清朝一些史官在修撰明史时经常会有意无意的忽略一些史事，尤其是南明的史料。
戴名世究为何故被赵申乔参劾，二人是否真如赵申乔在奏疏中所特意声明的“素无嫌怨”？《南山集》一案是否罚不当罪，又何故牵连人数如此之广？历来说法纷陈。清末民国初人周贞亮在无名氏《记桐城方戴两家书案》辩证后所附“识语”说，戴名世会试时名列第一，殿试却屈居第二，仅为“榜眼”，而状元赵熊诏就是赵申乔之子；且戴名世在士林中素享盛名，赵熊诏则才名不显，当时不少人传言赵因贿赂而为状元，赵申乔故先发制人，罗织罪名置戴于死地，以断他人追究之想、塞他人议论之口云云。这一传闻听来虽不为无理，但真凭实据却难以稽考。
戴名世与明末清初时的一批遗民毕竟是不同的，他是清王朝科举进士，他早年与清廷不合作的态度到了后期已发生明显转变。他于桐城南山砚庄“隐而复出”，就是他改变态度与清廷合作的突出标志，他已经开始积极为清政府服务了。
《南山集》一案，究其原委，只是因为戴名世《与余生书》中叙弘光帝南京一段，并于文中书“永历”年号等；至于《孑遗录》，虽然记述了明季桐城被兵乱始末，有弘光年号，但也并无特别直接触犯清廷权威的言论。对于南明年号问题，乾隆四年曾修明史，特别到了嘉庆朝，皇帝特谕：甲申以后存福王年号，丙戍以后存唐王年号，戊子以后存桂王年号。这实际上已经不存在因写南明年号而获罪的问题了。
《南山集》案之所以处置如此酷烈，株连如此广泛，还是由当时清王朝的政治大气候所决定的，也就前文所说的清廷对知识分子进行思想钳制的需要。中国历史上许多王朝在创建不久，几乎都要紧系文网，对文人进行弹压与恐吓，这似乎已成惯例，而清代尤甚。《南山集》案发时，明清之际的一批遗民如顾炎武、黄宗羲、冒辟疆等人虽已故去，但他们提倡“反清复明”、讲究“夷夏之别”的影响仍然存在，其弟子布于天下。
清廷兴“庄史《明史》案”、“《南山集》案”，无非是借此起到敲山震虎、杀一儆百之作用。由于清政府抓住此事大作文章，《南山集》案就由单纯的年号、明史事而渲染成了旨在谋反的叛逆之举，戴名世也因此被推进了万劫不复的绝境，连清廷重臣大学士李光地亲自出面，“欲疏救于万死一生之地”，也“卒不可得”。