吕惠卿（1032年—1111年），字吉甫，号恩祖，汉族，泉州南安水头镇朴里人，北宋宰相，政治改革家，王安石变法中的二号人物，为推动变法做出了许多贡献。
和王安石情同师徒，后因事生恨；宦途起伏不定，后半生一直在朝外辗转，历任翰林学士、知军器监、参知政事、知太原府等职。
嘉祐二年（1057年）中进士，因和王安石政治理念相合而获得他的器重，还得到了宋神宗的信任。
在熙宁初年王安石执政时期，帮助他推动了青苗法、市易法等数项改革。
王安石第一次被罢相后，吕惠卿出任参知政事（副宰相），继续推动变法，变法过程中，和以司马光为首的保守派展开了激烈的斗争。成为参知政事后与王安石发生矛盾，二人关系破灭，王安石回朝后，吕惠卿因连坐其弟罪责被贬出京，从此远离政治中心。
在边境，吕惠卿历任鄜延路经略使、知太原府等职，继续推动置将法等军事改革的进行。哲宗即位后，保守党逐渐把持朝政，吕惠卿作为新法中的先驱，自知不被容于朝堂，于是恳求任官于外郡。
元祐元年（1086年）五月右司谏苏辙上奏弹劾他，说他有妄图株连公卿、背叛恩师王安石、施行青苗等种种恶政数桩罪状。御史中丞刘挚又列举他五条罪状，认为他是大恶之人，于是吕惠卿由资政殿大学士、正议大夫、提举嵩山崇福宫被贬为中散大夫、光禄卿、分司南京。
吕惠卿被判贬至南京后，不到十日，王岩叟、朱光庭、王觌、苏辙等人又认为他被贬至南京不足以彰显他的罪恶，降四官并分司南京只是轻惩，而吕惠卿此人应用重典，不能用正常的法制来惩治他。于是吕惠卿又被加罪贬为建宁军节度副使，而且不得办理所任官的公事。
绍圣元年（1094年）八月，高太后去世后，哲宗亲政，又开始启用原先被弃置的新党。八月，三省呈递上了吕惠卿、王中正、宋用臣三人的无罪状，时任宰相章惇说：“吕惠卿被惩极其无名。”皇帝便让吕惠卿复原职。十月，又以吕惠卿知大名府。”
绍圣二年（1095年）二月，吕惠卿乞求留在京师。皇帝认为得资政殿大学士已是要员，且大名府也是要地，又问宰相章惇吕惠卿是否启程。曾布、韩忠彦都说君子进退自如，吕惠卿乞留是无耻之举。哲宗也仅置之一笑。[41]十一月，吕惠卿入宫奏对后，皇帝后对曾布说：“吕惠卿极其凶横，其弟吕升卿也是。”
绍圣三年（1096年）十月，西夏大举入侵鄜延路，即将以全军围困延安，惠卿修缮米脂诸寨迎敌。西夏军至延州，想进攻却无法靠近城寨，想抢掠则一无所得，想叫阵则诸将按兵不动，想南下则怕腹背受敌。停了两天夏军就拔营而去，趁机攻陷了金明，吕惠卿将金明被攻陷之事上报枢密院却无回应。
战事刚刚结束，吕惠卿便上表请求进京奏事，章惇对曾布说：“战事刚刚结束，吕惠卿真可谓不知缓急。”李清臣说：“他或许有借此事重回朝堂之意，我辈危矣。”十一月，进呈吕惠卿的奏章，哲宗问惠卿为何道理可以还朝，众人皆答曰不可，于是皇帝下诏让惠卿不必进京，有事条陈即可。
因修筑了威戎、威羌二城而升为银青光禄大夫，吕惠卿又被拜为保宁、武胜两军节度使。
吕惠卿大半生都被卷入新旧党的争斗，宦途也因此非常波折，评价也出现极大分歧，史书上认为他背信弃义、祸国无耻，人格低劣；而在后世对王安石变法重新定义后，认为他是卓有才能的政治改革家。