崇祯元年，陕北大地的连年大旱彻底撕碎了底层百姓的生存底线。颗粒无收的农田、拖欠经年的军饷、层层叠加的赋税，把走投无路的流民和哗变的边兵推上了造反的道路，王嘉胤、王左挂、张献忠等各路义军先后举事，短短数年间，起义的烽火就从陕西蔓延到了山西、河南，整个北半个大明都陷入了动荡之中。就在关内局势节节崩坏之时，出身文官体系的洪承畴，在陕西三边总督杨鹤的举荐下登上平叛舞台，从小小的督粮参政起步，一步步成为明末镇压农民起义的核心统帅。
洪承畴并非传统意义上只会空谈仁义的文臣，他早年在陕西任职时，就亲眼见过陕北的灾荒与民变的根源，深知朝廷“招抚为主”的方略根本无法解决根本问题。崇祯二年，王左挂率部围攻韩城，当地守军无人敢上前抵挡，洪承畴亲自率领临时拼凑的数千兵马出城迎战，硬生生逼退了数万义军，解了韩城之围，一战就让朝野看到了他的军事能力。等到杨鹤因招抚失败被下狱治罪，洪承畴正式接任陕西三边总督，彻底改变了此前明军一味招抚的疲软策略，定下“剿抚并用、以剿为主”的平叛思路，对顽固的义军主力坚决围剿，对走投无路的胁从百姓酌情安抚，很快就扭转了陕西战场上的被动局面。
在洪承畴的统筹指挥下，明军在关内战场接连打出关键胜仗。崇祯四年，他率部围剿占据陕北的义军主力王嘉胤、神一魁部，先后攻破数十座义军营寨，斩杀、收降义军部众数万人，基本肃清了陕西境内的大规模起义势力。此后他又率领曹文诏、贺人龙等一众悍将转战山西、河南，在洪承畴的步步紧逼之下，分散各地的义军被迫合流，王自用、高迎祥等多路义军首领联手，号称三十万大军，却依旧无法冲破洪承畴布下的包围网。崇祯七年，洪承畴被明廷任命为五省总督，总管陕西、山西、河南、湖广、四川五省的军务，成为关内平叛战场上最高的军事统帅，他调度数省兵马分进合击，把各路义军牢牢压缩在河南的狭小区域内，几乎就要完成一网打尽的战略目标。
崇祯九年，洪承畴迎来了平叛生涯中最关键的一场胜利。当时义军盟主高迎祥率部从汉中出子午谷，想要直扑西安，洪承畴早早就在栈道的出口黑水峪设下三重埋伏。高迎祥的大军刚走出山谷，就陷入了明军的合围，激战数日之后，高迎祥麾下的精锐全军覆没，他本人也被明军俘虏，之后被押往北京处死。这场大胜让明末农民起义的势头遭遇了前所未有的重创，各路义军群龙无首，张献忠、罗汝才等部纷纷向明军投降，李自成带着仅剩的十几残兵躲进陕南的商洛山中，整个关内的局势一度出现了“升平在望”的假象。
洪承畴的平叛行动，虽然一度把明末农民起义逼到了近乎覆灭的境地，却始终没能解决陕北灾荒、军饷匮乏、吏治腐败这些根本问题。明廷的赋税重压没有丝毫减轻，被招抚的义军在饥荒的逼迫下很快就再度举事，加上关外清军的攻势越来越猛，明廷不得不把洪承畴麾下的精锐调往辽东，最终给了李自成、张献忠等人东山再起的机会。但不可否认的是，在明末关内局势最崩坏的那几年里，洪承畴以文臣身份领兵转战数省，硬生生把摇摇欲坠的大明江山多撑了十余年，他的用兵之稳、调度之严，在明末的一众督师当中，几乎无人能出其右。