徐阶、高拱在嘉靖、隆庆年间曾同朝为官，并且都有经天纬地之才。徐阶机敏过人，权谋老道，大奸臣严嵩的倒台就是徐阶的手笔。高拱性格耿直、有见识有魄力，开启了隆庆新政，令帝国发展走回正轨。
在《大明王朝1566》中俩人是站在同一阵营的，同属裕王的老师，虽然表面上互相客气，其实已经暗中争斗。而在正史中，俩人关系更加恶劣，矛盾重重、互相拆台，甚至一度激化到不可收拾的地步。这种情况在徐阶卸任内阁首辅之后，体现的更加强烈。
史料记载：“拱再出，扼阶不遗余力。郡邑有司希拱指，争齮晷阶，尽夺其田，戍其二子。会拱复为居正所倾而罢，事乃解。”隆庆三年，高拱复职，内阁大学士并兼管吏部，此时的徐阶已经回乡养老。理论上讲，徐阶不在其位，对高拱的威胁也会变小，但高拱却不这么认为。上任后，高拱马上就开始给徐阶找麻烦。
徐阶从高位退下，生活也是十分滋润，家财田产颇丰，可是徐阶的两个儿子并不让徐阶省心。他们仗着父亲的权势横行乡里、为非作歹，高拱抓住机会狠狠整治了徐阶一番。
徐阶大量田产被没收，两个儿子还被罚去戍边，这让威望甚高的徐阶颜面扫地，固然无性命之忧，也是晚节不保。高拱对徐阶的打击从未停息，直到张居正掌权后，这才罢了。那么为何高拱要纠缠不休、不遗余力地整治徐阶？
一、高拱性格孤傲、偏激，仗着太子宠信目空一切
高拱是嘉靖二十年进士，并成为庶吉士，学识渊博且能力出众，被赋予编修之职。最重要的是，之后他成为裕王朱载垕的侍讲，也相当于朱载垕的老师，裕王就是之后的隆庆皇帝。
太子身边的人可谓富贵不可言，当时朱载垕还不是太子，但高拱跟对了人，朱载壡去世后，朱载垕成为太子。新皇即位后，老师们出将入相那是大有人在，高拱侍奉了朱载垕九年，谆谆教导之下，朱载垕也对这个老师极为看重。
徐阶主持朝政后，也希望攀附太子，随即对高拱加以提拔，从国子监祭酒一步步升任礼部尚书。这其中都有徐阶的帮扶，最后高拱在嘉靖四十五年进入内阁，同样也是徐阶推荐的。从此可见，徐阶对高拱是有恩的，哪怕动机不明，但徐阶是实打实在提携高拱。
只不过徐阶总像是热脸贴上了冷屁股，高拱对徐阶的提拔并不在意，进入内阁后，高拱甚至还“负气颇忤阶”。高拱自负甚高，认为徐阶的提拔是多管闲事，他有太子后台，进入内阁只是时间问题，所以他对徐阶的示好不以为然，甚至经常顶撞徐阶。
高拱的性格有些自负和孤傲，他对自身的能力太过自信，对徐阶也有些许不屑。这大致就是矛盾的起始点，小摩擦慢慢变成大矛盾，直到了水火不容的地步。
二、徐阶和张居正草拟遗诏，没有征求高拱同意
在嘉靖帝去世后，便该由内阁起草遗诏，这本应由全体内阁成员商议决定，但徐阶私自和张居正起草了诏书。徐阶作为内阁首辅，就算他自己起草诏书也无人敢说什么，毕竟当时权势最大的就是徐阶。徐阶十分看重张居正，把张居正看作真正的接班人，于是让张居正同他一同起草这无比重要的遗诏。
史料记载：“阶草遗诏，独与居正计，拱心弥不平。会议登极赏军及请上裁去留大臣事，阶悉不从拱议，嫌益深。”高拱作为隆庆帝的老师，位高权重，起草诏书此等事情竟然把他排除在外，这令高拱极为愤懑。内阁成员就那么几个人，其他人还好说，只是如此要务并没有叫上高拱，这必定是徐阶故意为之。此时的徐阶和高拱早已走向对立，矛盾公开化，高拱对徐阶的忌恨也变得更深。
在徐阶的遗诏中，大肆批判了嘉靖一系列荒唐行为，比如崇尚道教、方术等弊端。废除了不少嘉靖时期的不合理政策，平反了不少之前治罪的大臣，其次就是安稳地政权交接。